RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000569050.1

PKM-223, Transcript of pyruvate kinase M1/2, human

TSL 4

Gene PKM, Length 457 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PKM-223	ENST00000569050	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		43.58	■■■■■ 4.57
PKM-223	ENST00000569050	ABCC9	O60706	1549 aa		40.18	■■■■■ 4.02
PKM-223	ENST00000569050	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		39.38	■■■■□ 3.89
PKM-223	ENST00000569050	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		38.41	■■■■□ 3.74
PKM-223	ENST00000569050	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		37.86	■■■■□ 3.65
PKM-223	ENST00000569050	NACAD	O15069	1562 aa		37.43	■■■■□ 3.58
PKM-223	ENST00000569050	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	37.3	■■■■□ 3.56
PKM-223	ENST00000569050	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		37.06	■■■■□ 3.52
PKM-223	ENST00000569050	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		36.99	■■■■□ 3.51
PKM-223	ENST00000569050	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		36.85	■■■■□ 3.49
PKM-223	ENST00000569050	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		36.68	■■■■□ 3.46
PKM-223	ENST00000569050	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		36.27	■■■■□ 3.4
PKM-223	ENST00000569050	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		36.24	■■■■□ 3.39
PKM-223	ENST00000569050	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		36.23	■■■■□ 3.39
PKM-223	ENST00000569050	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	35.99	■■■■□ 3.35
PKM-223	ENST00000569050	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	35.99	■■■■□ 3.35
PKM-223	ENST00000569050	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		35.93	■■■■□ 3.34
PKM-223	ENST00000569050	SCRIB	Q14160	1630 aa		35.89	■■■■□ 3.34
PKM-223	ENST00000569050	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		35.75	■■■■□ 3.31
PKM-223	ENST00000569050	CUX2	O14529	1486 aa		34.92	■■■■□ 3.18
PKM-223	ENST00000569050	ERCC6	Q03468	1493 aa		34.71	■■■■□ 3.15
PKM-223	ENST00000569050	NCAPD3	P42695	1498 aa		34.59	■■■■□ 3.13
PKM-223	ENST00000569050	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		34.39	■■■■□ 3.1
PKM-223	ENST00000569050	NES	P48681	1621 aa		34.32	■■■■□ 3.08
PKM-223	ENST00000569050	HMGXB3	Q12766	1538 aa		34.26	■■■■□ 3.08
PKM-223	ENST00000569050	SMARCA2	P51531	1590 aa		34.21	■■■■□ 3.07
PKM-223	ENST00000569050	SMARCA4	P51532	1647 aa		34.15	■■■■□ 3.06
PKM-223	ENST00000569050	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	34.11	■■■■□ 3.05
PKM-223	ENST00000569050	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	34	■■■■□ 3.03
PKM-223	ENST00000569050	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		33.89	■■■■□ 3.02
PKM-223	ENST00000569050	TRIM41	Q8WV44	630 aa		33.88	■■■■□ 3.01
PKM-223	ENST00000569050	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	33.85	■■■■□ 3.01
PKM-223	ENST00000569050	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		33.83	■■■■□ 3.01
PKM-223	ENST00000569050	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		33.8	■■■■□ 3
PKM-223	ENST00000569050	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		33.73	■■■□□ 2.99
PKM-223	ENST00000569050	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		33.6	■■■□□ 2.97
PKM-223	ENST00000569050	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		33.52	■■■□□ 2.96
PKM-223	ENST00000569050	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		33.5	■■■□□ 2.95
PKM-223	ENST00000569050	WDR62	O43379	1518 aa		33.48	■■■□□ 2.95
PKM-223	ENST00000569050	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		33.22	■■■□□ 2.91
PKM-223	ENST00000569050	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		33.16	■■■□□ 2.9
PKM-223	ENST00000569050	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		33.13	■■■□□ 2.89
PKM-223	ENST00000569050	WIZ	O95785	1651 aa		33.12	■■■□□ 2.89
PKM-223	ENST00000569050	CFTR	P13569	1480 aa		32.98	■■■□□ 2.87
PKM-223	ENST00000569050	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	32.93	■■■□□ 2.86
PKM-223	ENST00000569050	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PKM-223	ENST00000569050	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PKM-223	ENST00000569050	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PKM-223	ENST00000569050	ARHGEF11	O15085	1522 aa		32.69	■■■□□ 2.82
PKM-223	ENST00000569050	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	32.67	■■■□□ 2.82
PKM-223	ENST00000569050	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	32.66	■■■□□ 2.82
PKM-223	ENST00000569050	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	32.62	■■■□□ 2.81
PKM-223	ENST00000569050	IFT140	Q96RY7	1462 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PKM-223	ENST00000569050	PRDM2	Q13029	1718 aa		32.48	■■■□□ 2.79
PKM-223	ENST00000569050	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		32.47	■■■□□ 2.79
PKM-223	ENST00000569050	TOPBP1	Q92547	1522 aa		32.42	■■■□□ 2.78
PKM-223	ENST00000569050	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	32.41	■■■□□ 2.78
PKM-223	ENST00000569050	ARAP1	Q96P48	1450 aa		32.35	■■■□□ 2.77
PKM-223	ENST00000569050	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	32.33	■■■□□ 2.77
PKM-223	ENST00000569050	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		32.31	■■■□□ 2.76
PKM-223	ENST00000569050	CHD1	O14646	1710 aa		32.26	■■■□□ 2.76
PKM-223	ENST00000569050	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	32.25	■■■□□ 2.75	2e-14	■■■□□ 16.3
PKM-223	ENST00000569050	ABCC8	Q09428	1581 aa		32.24	■■■□□ 2.75
PKM-223	ENST00000569050	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		32.22	■■■□□ 2.75
PKM-223	ENST00000569050	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	32.18	■■■□□ 2.74
PKM-223	ENST00000569050	FBLN2	P98095	1184 aa		32.14	■■■□□ 2.74
PKM-223	ENST00000569050	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	32.06	■■■□□ 2.72
PKM-223	ENST00000569050	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PKM-223	ENST00000569050	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		31.94	■■■□□ 2.7
PKM-223	ENST00000569050	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	31.93	■■■□□ 2.7
PKM-223	ENST00000569050	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	31.91	■■■□□ 2.7
PKM-223	ENST00000569050	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		31.91	■■■□□ 2.7
PKM-223	ENST00000569050	SOGA1	O94964	1423 aa		31.86	■■■□□ 2.69
PKM-223	ENST00000569050	SYNJ1	O43426	1573 aa		31.8	■■■□□ 2.68
PKM-223	ENST00000569050	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	31.77	■■■□□ 2.68
PKM-223	ENST00000569050	WDR97	A6NE52	1622 aa		31.76	■■■□□ 2.67
PKM-223	ENST00000569050	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	31.76	■■■□□ 2.67
PKM-223	ENST00000569050	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		31.74	■■■□□ 2.67
PKM-223	ENST00000569050	GRIN2B	Q13224	1484 aa		31.68	■■■□□ 2.66
PKM-223	ENST00000569050	SYNJ2	O15056	1496 aa		31.66	■■■□□ 2.66
PKM-223	ENST00000569050	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		31.64	■■■□□ 2.66
PKM-223	ENST00000569050	CUX1	P39880	1505 aa		31.6	■■■□□ 2.65
PKM-223	ENST00000569050	PBRM1	Q86U86	1689 aa		31.47	■■■□□ 2.63
PKM-223	ENST00000569050	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		31.41	■■■□□ 2.62
PKM-223	ENST00000569050	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		31.35	■■■□□ 2.61
PKM-223	ENST00000569050	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		31.34	■■■□□ 2.61
PKM-223	ENST00000569050	GRIN2A	Q12879	1464 aa		31.29	■■■□□ 2.6
PKM-223	ENST00000569050	CEP170	Q5SW79	1584 aa		31.26	■■■□□ 2.59
PKM-223	ENST00000569050	NUP160	Q12769	1436 aa		31.23	■■■□□ 2.59
PKM-223	ENST00000569050	ADAMTS12	P58397	1594 aa		31.18	■■■□□ 2.58
PKM-223	ENST00000569050	SHROOM2	Q13796	1616 aa		31.15	■■■□□ 2.58
PKM-223	ENST00000569050	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		31.11	■■■□□ 2.57
PKM-223	ENST00000569050	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		31.04	■■■□□ 2.56
PKM-223	ENST00000569050	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	31.03	■■■□□ 2.56
PKM-223	ENST00000569050	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	30.97	■■■□□ 2.55
PKM-223	ENST00000569050	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		30.91	■■■□□ 2.54
PKM-223	ENST00000569050	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		30.9	■■■□□ 2.54
PKM-223	ENST00000569050	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		30.89	■■■□□ 2.54
PKM-223	ENST00000569050	JPH4	Q96JJ6	628 aa		30.86	■■■□□ 2.53
PKM-223	ENST00000569050	TOP2B	Q02880	1626 aa		30.86	■■■□□ 2.53

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.5 ms