Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 DDX5-233ENST00000585223 699 ntTSL 212.08□□□□□ -0.487e-7■■■■■ 35
SF3B1O75533 DDX5-231ENST00000585060 572 ntTSL 410□□□□□ -0.817e-7■■■■■ 35
SF3B1O75533 TMEM165-212ENST00000608091 1567 ntTSL 312.04□□□□□ -0.483e-6■■■■■ 34.9
SF3B1O75533 TNPO2-211ENST00000588484 545 ntTSL 311.18□□□□□ -0.621e-6■■■■■ 34.9
SF3B1O75533 CHD9-206ENST00000562791 242 ntTSL 34.23□□□□□ -1.732e-6■■■■■ 34.9
SF3B1O75533 CHD9-215ENST00000565442 703 ntTSL 23.3□□□□□ -1.882e-6■■■■■ 34.9
SF3B1O75533 PGK1-201ENST00000373316 4887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.7□□□□□ -0.75e-7■■■■■ 34.9
SF3B1O75533 PPM1F-203ENST00000407142 5587 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.095e-10■■■■■ 34.9
SF3B1O75533 PPM1F-201ENST00000263212 5143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.045e-10■■■■■ 34.9
SF3B1O75533 BCLAF1-216ENST00000532384 3237 ntTSL 57.45□□□□□ -1.224e-6■■■■■ 34.9
SF3B1O75533 BCLAF1-212ENST00000530429 3167 ntTSL 53.56□□□□□ -1.844e-6■■■■■ 34.9
SF3B1O75533 VEGFA-211ENST00000476772 1683 ntTSL 1 (best)30.42■■■□□ 2.461e-17■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 VEGFA-217ENST00000518538 535 ntTSL 223.9■■□□□ 1.421e-17■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 CAPRIN1-205ENST00000528856 595 ntTSL 525.53■■□□□ 1.681e-6■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 CAPRIN1-217ENST00000534825 668 ntTSL 319.54■□□□□ 0.721e-6■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 CAPRIN1-216ENST00000534042 574 ntTSL 518.65■□□□□ 0.581e-6■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 CAPRIN1-212ENST00000532820 3438 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.211e-6■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 CAPRIN1-202ENST00000389645 3498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.13□□□□□ -0.471e-6■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 CAPRIN1-201ENST00000341394 4108 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.51□□□□□ -0.731e-6■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 CAPRIN1-209ENST00000530820 3454 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.96□□□□□ -0.981e-6■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 SLC25A37-201ENST00000290075 1889 ntTSL 1 (best)22.37■■□□□ 1.173e-7■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 SLC25A37-204ENST00000518881 3404 ntTSL 1 (best)14.51□□□□□ -0.093e-7■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.695e-7■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.575e-7■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 GTF2H4-206ENST00000487746 1126 ntTSL 512.68□□□□□ -0.385e-7■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.972e-7■■■■■ 34.8
SF3B1O75533 LINC02476-202ENST00000431071 559 ntTSL 4 BASIC5.52□□□□□ -1.532e-6■■■■■ 34.7
SF3B1O75533 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.042e-6■■■■■ 34.7
SF3B1O75533 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.522e-6■■■■■ 34.7
SF3B1O75533 GGA1-206ENST00000406772 3205 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 34.7
SF3B1O75533 GGA1-201ENST00000325180 2528 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.052e-6■■■■■ 34.7
SF3B1O75533 NONO-202ENST00000373841 2606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.25□□□□□ -0.455e-7■■■■■ 34.7
SF3B1O75533 NONO-215ENST00000535149 2882 ntTSL 2 BASIC10.4□□□□□ -0.745e-7■■■■■ 34.7
SF3B1O75533 NONO-201ENST00000276079 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.795e-7■■■■■ 34.7
SF3B1O75533 NONO-210ENST00000472185 397 ntTSL 57.39□□□□□ -1.235e-7■■■■■ 34.7
SF3B1O75533 NONO-214ENST00000490044 3215 ntTSL 27.06□□□□□ -1.285e-7■■■■■ 34.7
SF3B1O75533 ANKRD12-203ENST00000400020 9115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.65□□□□□ -1.343e-6■■■■■ 34.7
SF3B1O75533 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.234e-6■■■■■ 34.6
SF3B1O75533 PPP2R5C-209ENST00000553890 492 ntTSL 312.47□□□□□ -0.411e-6■■■■■ 34.6
SF3B1O75533 FAM126A-206ENST00000465661 525 ntTSL 313.92□□□□□ -0.188e-7■■■■■ 34.6
SF3B1O75533 MAN2A2-229ENST00000561240 460 ntTSL 419.03■□□□□ 0.645e-13■■■■■ 34.6
SF3B1O75533 MAN2A2-222ENST00000560505 643 ntTSL 214.12□□□□□ -0.155e-13■■■■■ 34.6
SF3B1O75533 BTNL9-206ENST00000511056 332 ntTSL 320.04■□□□□ 0.82e-6■■■■■ 34.6
SF3B1O75533 BTNL9-203ENST00000491209 2199 ntTSL 217.07■□□□□ 0.322e-6■■■■■ 34.6
SF3B1O75533 ZEB2-222ENST00000484313 845 ntTSL 1 (best)9.18□□□□□ -0.942e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 ZEB2-242ENST00000637591 101 ntTSL 5-1.06□□□□□ -2.582e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.614e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 SRSF11-209ENST00000463877 617 ntTSL 231.11■■■□□ 2.574e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC30.1■■■□□ 2.414e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 MRPL28-204ENST00000441883 800 ntTSL 529.72■■■□□ 2.354e-8■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 CPSF6-205ENST00000550075 540 ntTSL 428.28■■■□□ 2.124e-8■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 EIF5-211ENST00000559532 678 ntTSL 427.26■■□□□ 1.954e-9■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.934e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 LONP1-210ENST00000590511 722 ntTSL 326.98■■□□□ 1.914e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.884e-8■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 MRPL28-205ENST00000447696 722 ntTSL 326.28■■□□□ 1.84e-8■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 LONP1-212ENST00000590728 591 ntTSL 426.27■■□□□ 1.84e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 UBP1-205ENST00000456378 581 ntTSL 425.93■■□□□ 1.744e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 VARS-217ENST00000440048 804 ntTSL 1 (best)25.8■■□□□ 1.724e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.694e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 HEXDC-215ENST00000585077 1139 ntTSL 225.36■■□□□ 1.654e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 PRMT5-225ENST00000557415 584 ntTSL 225.14■■□□□ 1.624e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 NFE2L1-219ENST00000584137 529 ntTSL 424.9■■□□□ 1.584e-8■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 PRMT5-205ENST00000421938 565 ntTSL 324.61■■□□□ 1.534e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 STARD3-229ENST00000585269 1346 ntTSL 524.42■■□□□ 1.54e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 UBA5-204ENST00000464101 570 ntTSL 224.41■■□□□ 1.54e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 PRMT5-210ENST00000553550 580 ntTSL 323.79■■□□□ 1.44e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 PPP4R1-228ENST00000584074 625 ntTSL 323.52■■□□□ 1.364e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 SPACA6-205ENST00000572703 964 ntTSL 523.42■■□□□ 1.344e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.324e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 PRMT5-215ENST00000554716 561 ntTSL 423.22■■□□□ 1.314e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.314e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 EIF5-209ENST00000559130 583 ntTSL 323.08■■□□□ 1.284e-9■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 PPT2-254ENST00000493548 790 ntTSL 523■■□□□ 1.274e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 PPP4R1-221ENST00000582240 578 ntTSL 422.45■■□□□ 1.184e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 ABHD5-207ENST00000486764 618 ntTSL 222.31■■□□□ 1.164e-9■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 ABHD5-203ENST00000454293 464 ntTSL 322.07■■□□□ 1.124e-9■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 PRMT5-222ENST00000556426 563 ntTSL 322.07■■□□□ 1.124e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.123e-16■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.123e-16■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 PPT2-250ENST00000424499 722 ntTSL 322.01■■□□□ 1.114e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 KATNBL1-208ENST00000559515 436 ntTSL 321.9■■□□□ 1.14e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 NFE2L1-216ENST00000583060 477 ntTSL 321.79■■□□□ 1.084e-8■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 AP2A2-206ENST00000525891 743 ntTSL 421.76■■□□□ 1.074e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 RHOA-204ENST00000431929 539 ntTSL 421.69■■□□□ 1.064e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 RAD23A-208ENST00000591499 1350 ntTSL 221.66■■□□□ 1.064e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 D2HGDH-205ENST00000432449 566 ntTSL 521.65■■□□□ 1.064e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 SPACA6-203ENST00000572565 1308 ntTSL 221.47■■□□□ 1.034e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.024e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 PPT2-249ENST00000414204 954 ntTSL 521.41■■□□□ 1.024e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 PRMT5-224ENST00000557015 628 ntTSL 221.41■■□□□ 1.024e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 KATNBL1-210ENST00000560108 853 ntTSL 521.37■■□□□ 1.014e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.994e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 AC093752.1-202ENST00000510011 979 ntTSL 321.16■□□□□ 0.984e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC21.16■□□□□ 0.984e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.974e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 SS18-208ENST00000577751 580 ntTSL 421.04■□□□□ 0.964e-8■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 PRMT5-216ENST00000554867 555 ntTSL 220.99■□□□□ 0.954e-7■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 SPACA6-202ENST00000572160 759 ntTSL 520.95■□□□□ 0.944e-6■■■■■ 34.5
SF3B1O75533 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.944e-6■■■■■ 34.5
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 3399.6 ms