Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 CWF19L1-207ENST00000482452 1606 ntTSL 56.79□□□□□ -1.321e-47■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.982e-9■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.792e-9■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 KANSL1-230ENST00000639805 557 ntTSL 414.19□□□□□ -0.142e-9■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 KANSL1-215ENST00000576870 2848 ntTSL 213.91□□□□□ -0.182e-9■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 KANSL1-208ENST00000574590 5147 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.272e-9■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 KANSL1-210ENST00000574963 1493 nt12.81□□□□□ -0.362e-9■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 KANSL1-211ENST00000575318 4935 ntTSL 5 BASIC12.61□□□□□ -0.392e-9■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 KANSL1-201ENST00000262419 5309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.522e-9■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 KANSL1-205ENST00000572904 4973 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.37□□□□□ -0.752e-9■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 KANSL1-204ENST00000572218 9095 ntTSL 1 (best)9.64□□□□□ -0.872e-9■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 ACADVL-212ENST00000578421 548 ntTSL 320.34■□□□□ 0.851e-6■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 ACADVL-229ENST00000582356 633 ntTSL 420.19■□□□□ 0.821e-6■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 ACADVL-223ENST00000580263 545 ntTSL 219.33■□□□□ 0.681e-6■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 ACADVL-238ENST00000584103 555 ntTSL 419.3■□□□□ 0.681e-6■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 ACADVL-227ENST00000582056 738 ntTSL 217.56■□□□□ 0.41e-6■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 ACADVL-207ENST00000577433 803 ntTSL 213.87□□□□□ -0.191e-6■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 CDC45-205ENST00000437685 2072 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.072e-6■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 CDC45-201ENST00000263201 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.32e-6■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 CDC45-202ENST00000404724 1693 ntTSL 2 BASIC12.47□□□□□ -0.412e-6■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 CDC45-203ENST00000407835 2090 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.18□□□□□ -0.622e-6■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 UAP1L1-204ENST00000476184 645 ntTSL 319.61■□□□□ 0.731e-12■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 RNF126-202ENST00000586749 2092 ntTSL 220.93■□□□□ 0.941e-6■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.519e-17■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 GGT7-203ENST00000469018 1064 ntTSL 514.16□□□□□ -0.149e-17■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 GGT7-204ENST00000470952 427 ntTSL 512.56□□□□□ -0.49e-17■■■■■ 38.1
SF3A3Q12874 SERPINA1-210ENST00000489769 1562 ntTSL 1 (best)11.2□□□□□ -0.627e-17■■■■■ 38
SF3A3Q12874 C3-210ENST00000598805 873 ntTSL 212.84□□□□□ -0.353e-30■■■■■ 38
SF3A3Q12874 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.653e-8■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 LLGL1-201ENST00000316843 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.152e-6■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 LLGL1-202ENST00000479155 6004 ntTSL 1 (best)15.86■□□□□ 0.132e-6■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 LLGL1-203ENST00000621229 3187 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.072e-6■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 DHPS-207ENST00000594424 1172 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.193e-8■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.233e-8■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 NINL-202ENST00000336104 439 ntTSL 312.28□□□□□ -0.442e-15■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 DHPS-202ENST00000351660 1090 ntTSL 1 (best) BASIC10.73□□□□□ -0.693e-8■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 HIST1H2BC-202ENST00000396984 571 ntAPPRIS P1 BASIC10.61□□□□□ -0.712e-15■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 HIST1H2BC-201ENST00000314332 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.81□□□□□ -0.842e-15■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 DHPS-221ENST00000601537 1176 ntTSL 1 (best)9.5□□□□□ -0.893e-8■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 ATG16L1-212ENST00000472242 911 ntTSL 48.58□□□□□ -1.042e-15■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 DHPS-222ENST00000601639 1133 ntTSL 58.57□□□□□ -1.043e-8■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 MKS1-212ENST00000583577 697 ntTSL 29.89□□□□□ -0.834e-8■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 SNRPA1-208ENST00000559686 625 ntTSL 26.95□□□□□ -1.31e-6■■■■■ 37.9
SF3A3Q12874 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.616e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 FADS1-201ENST00000350997 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.276e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.166e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 FADS1-219ENST00000545245 709 ntTSL 416.03■□□□□ 0.166e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 FADS1-202ENST00000421879 583 ntTSL 316.03■□□□□ 0.166e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 FADS1-218ENST00000544696 567 ntTSL 315.98■□□□□ 0.156e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 FADS1-217ENST00000544309 581 ntTSL 315.6■□□□□ 0.096e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 FADS1-207ENST00000466716 640 ntTSL 513.77□□□□□ -0.216e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 FADS1-209ENST00000491310 525 ntTSL 513.42□□□□□ -0.266e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 FADS1-214ENST00000540767 742 ntTSL 311.87□□□□□ -0.516e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 FADS1-203ENST00000424501 926 ntTSL 311.59□□□□□ -0.556e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 FADS1-220ENST00000545405 582 ntTSL 210.7□□□□□ -0.76e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 MADD-203ENST00000349238 5873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.095e-8■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 MADD-201ENST00000311027 5990 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.245e-8■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 MADD-204ENST00000395336 5942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.265e-8■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 MADD-207ENST00000402799 5684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.325e-8■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 MADD-209ENST00000406482 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.325e-8■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 MADD-210ENST00000407859 5744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.375e-8■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 MADD-206ENST00000402192 5823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.415e-8■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 MADD-202ENST00000342922 6005 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.425e-8■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 MADD-205ENST00000395344 4988 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.645e-8■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 PKD1-220ENST00000487932 6464 ntTSL 517.17■□□□□ 0.348e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-204ENST00000423058 8191 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC7.31□□□□□ -1.242e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-217ENST00000637988 8562 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC6.42□□□□□ -1.382e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-212ENST00000636194 8508 ntTSL 56.4□□□□□ -1.392e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-203ENST00000409050 5946 ntTSL 5 BASIC6.36□□□□□ -1.392e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-209ENST00000635750 8299 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.99□□□□□ -1.452e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-201ENST00000303395 8533 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.36□□□□□ -1.552e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-218ENST00000640036 8131 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.21□□□□□ -1.582e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-202ENST00000375405 8097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.14□□□□□ -1.592e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-220ENST00000641603 12506 ntBASIC4.85□□□□□ -1.632e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-210ENST00000635776 10107 ntTSL 5 BASIC4.61□□□□□ -1.672e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-206ENST00000491429 542 ntTSL 44.41□□□□□ -1.72e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-214ENST00000637038 4268 ntTSL 54.17□□□□□ -1.742e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-221ENST00000641996 12903 nt3.77□□□□□ -1.812e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-205ENST00000473295 544 ntTSL 43.4□□□□□ -1.872e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-211ENST00000635893 168 ntTSL 53.4□□□□□ -1.872e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 SCN1A-219ENST00000641575 12874 ntAPPRIS ALT1 BASIC3.04□□□□□ -1.922e-17■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 NELFCD-212ENST00000497935 666 ntTSL 26.99□□□□□ -1.292e-13■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 NELFCD-210ENST00000490205 650 ntTSL 23.86□□□□□ -1.792e-13■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.162e-6■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 CLK3-203ENST00000454830 3787 ntTSL 514.32□□□□□ -0.122e-6■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 CLK3-204ENST00000483723 1749 ntTSL 214.02□□□□□ -0.162e-6■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 CLK3-201ENST00000345005 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.312e-6■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 CLK3-226ENST00000569406 3591 ntTSL 211.95□□□□□ -0.52e-6■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 CHD1L-206ENST00000469625 423 ntTSL 55.32□□□□□ -1.561e-45■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 CHD1L-207ENST00000485113 377 ntTSL 34.71□□□□□ -1.661e-45■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 ATAD2-201ENST00000287394 5565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.234e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 ATAD2-202ENST00000517666 4995 ntTSL 513.26□□□□□ -0.294e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 ATAD2-204ENST00000521496 3133 ntTSL 1 (best)10.9□□□□□ -0.664e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 ATAD2-205ENST00000521903 5143 ntTSL 1 (best) BASIC9.37□□□□□ -0.914e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 ATAD2-203ENST00000519124 4650 ntTSL 1 (best)7.09□□□□□ -1.284e-7■■■■■ 37.8
SF3A3Q12874 RNF44-207ENST00000513029 1647 ntTSL 217.23■□□□□ 0.357e-7■■■■■ 37.7
SF3A3Q12874 RNF44-201ENST00000274811 4155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.067e-7■■■■■ 37.7
SF3A3Q12874 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.563e-7■■■■■ 37.7
SF3A3Q12874 NCAPD2-207ENST00000539084 4290 ntTSL 211.07□□□□□ -0.643e-7■■■■■ 37.7
SF3A3Q12874 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.456e-8■■■■■ 37.7
Retrieved 100 of 27,864 protein–RNA pairs in 332.7 ms