Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULL8

SHROOM4, Protein Shroom4, humanhuman

Predictions only

Length 1,493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHROOM4Q9ULL8 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.66■■■■■ 6.02
SHROOM4Q9ULL8 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC52.65■■■■■ 6.02
SHROOM4Q9ULL8 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.64■■■■■ 6.02
SHROOM4Q9ULL8 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC52.64■■■■■ 6.02
SHROOM4Q9ULL8 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC52.62■■■■■ 6.01
SHROOM4Q9ULL8 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC52.61■■■■■ 6.01
SHROOM4Q9ULL8 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC52.61■■■■■ 6.01
SHROOM4Q9ULL8 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC52.6■■■■■ 6.01
SHROOM4Q9ULL8 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC52.59■■■■■ 6.01
SHROOM4Q9ULL8 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC52.59■■■■■ 6.01
SHROOM4Q9ULL8 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.56■■■■■ 6
SHROOM4Q9ULL8 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC52.55■■■■■ 6
SHROOM4Q9ULL8 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC52.55■■■■■ 6
SHROOM4Q9ULL8 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC52.54■■■■■ 6
SHROOM4Q9ULL8 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.53■■■■■ 6
SHROOM4Q9ULL8 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC52.51■■■■■ 6
SHROOM4Q9ULL8 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.49■■■■■ 5.99
SHROOM4Q9ULL8 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC52.49■■■■■ 5.99
SHROOM4Q9ULL8 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC52.49■■■■■ 5.99
SHROOM4Q9ULL8 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC52.49■■■■■ 5.99
SHROOM4Q9ULL8 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC52.47■■■■■ 5.99
SHROOM4Q9ULL8 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC52.46■■■■■ 5.99
SHROOM4Q9ULL8 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC52.43■■■■■ 5.98
SHROOM4Q9ULL8 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC52.43■■■■■ 5.98
SHROOM4Q9ULL8 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC52.41■■■■■ 5.98
SHROOM4Q9ULL8 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.4■■■■■ 5.98
SHROOM4Q9ULL8 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC52.4■■■■■ 5.98
SHROOM4Q9ULL8 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC52.34■■■■■ 5.97
SHROOM4Q9ULL8 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.33■■■■■ 5.97
SHROOM4Q9ULL8 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC52.31■■■■■ 5.97
SHROOM4Q9ULL8 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC52.3■■■■■ 5.96
SHROOM4Q9ULL8 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC52.29■■■■■ 5.96
SHROOM4Q9ULL8 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC52.29■■■■■ 5.96
SHROOM4Q9ULL8 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC52.27■■■■■ 5.96
SHROOM4Q9ULL8 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC52.27■■■■■ 5.96
SHROOM4Q9ULL8 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC52.23■■■■■ 5.95
SHROOM4Q9ULL8 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC52.23■■■■■ 5.95
SHROOM4Q9ULL8 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.21■■■■■ 5.95
SHROOM4Q9ULL8 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC52.2■■■■■ 5.95
SHROOM4Q9ULL8 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC52.2■■■■■ 5.95
SHROOM4Q9ULL8 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC52.18■■■■■ 5.94
SHROOM4Q9ULL8 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC52.16■■■■■ 5.94
SHROOM4Q9ULL8 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC52.15■■■■■ 5.94
SHROOM4Q9ULL8 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC52.15■■■■■ 5.94
SHROOM4Q9ULL8 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC52.14■■■■■ 5.94
SHROOM4Q9ULL8 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC52.13■■■■■ 5.94
SHROOM4Q9ULL8 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC52.11■■■■■ 5.93
SHROOM4Q9ULL8 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC52.11■■■■■ 5.93
SHROOM4Q9ULL8 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.09■■■■■ 5.93
SHROOM4Q9ULL8 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.08■■■■■ 5.93
SHROOM4Q9ULL8 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC52.08■■■■■ 5.93
SHROOM4Q9ULL8 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.07■■■■■ 5.93
SHROOM4Q9ULL8 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.07■■■■■ 5.93
SHROOM4Q9ULL8 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC52.05■■■■■ 5.92
SHROOM4Q9ULL8 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.05■■■■■ 5.92
SHROOM4Q9ULL8 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC52.03■■■■■ 5.92
SHROOM4Q9ULL8 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.99■■■■■ 5.91
SHROOM4Q9ULL8 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.99■■■■■ 5.91
SHROOM4Q9ULL8 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.99■■■■■ 5.91
SHROOM4Q9ULL8 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC51.99■■■■■ 5.91
SHROOM4Q9ULL8 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC51.97■■■■■ 5.91
SHROOM4Q9ULL8 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.96■■■■■ 5.91
SHROOM4Q9ULL8 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.95■■■■■ 5.91
SHROOM4Q9ULL8 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC51.94■■■■■ 5.91
SHROOM4Q9ULL8 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC51.93■■■■■ 5.9
SHROOM4Q9ULL8 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC51.92■■■■■ 5.9
SHROOM4Q9ULL8 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC51.91■■■■■ 5.9
SHROOM4Q9ULL8 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC51.9■■■■■ 5.9
SHROOM4Q9ULL8 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC51.86■■■■■ 5.89
SHROOM4Q9ULL8 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC51.86■■■■■ 5.89
SHROOM4Q9ULL8 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC51.85■■■■■ 5.89
SHROOM4Q9ULL8 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC51.83■■■■■ 5.89
SHROOM4Q9ULL8 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC51.82■■■■■ 5.89
SHROOM4Q9ULL8 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC51.82■■■■■ 5.89
SHROOM4Q9ULL8 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.82■■■■■ 5.89
SHROOM4Q9ULL8 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.81■■■■■ 5.89
SHROOM4Q9ULL8 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC51.79■■■■■ 5.88
SHROOM4Q9ULL8 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC51.79■■■■■ 5.88
SHROOM4Q9ULL8 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC51.79■■■■■ 5.88
SHROOM4Q9ULL8 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC51.79■■■■■ 5.88
SHROOM4Q9ULL8 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC51.78■■■■■ 5.88
SHROOM4Q9ULL8 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.76■■■■■ 5.88
SHROOM4Q9ULL8 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC51.74■■■■■ 5.87
SHROOM4Q9ULL8 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.74■■■■■ 5.87
SHROOM4Q9ULL8 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC51.73■■■■■ 5.87
SHROOM4Q9ULL8 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC51.73■■■■■ 5.87
SHROOM4Q9ULL8 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC51.73■■■■■ 5.87
SHROOM4Q9ULL8 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC51.73■■■■■ 5.87
SHROOM4Q9ULL8 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC51.72■■■■■ 5.87
SHROOM4Q9ULL8 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.7■■■■■ 5.87
SHROOM4Q9ULL8 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC51.69■■■■■ 5.87
SHROOM4Q9ULL8 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC51.69■■■■■ 5.87
SHROOM4Q9ULL8 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC51.68■■■■■ 5.86
SHROOM4Q9ULL8 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC51.67■■■■■ 5.86
SHROOM4Q9ULL8 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC51.66■■■■■ 5.86
SHROOM4Q9ULL8 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC51.65■■■■■ 5.86
SHROOM4Q9ULL8 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.65■■■■■ 5.86
SHROOM4Q9ULL8 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.65■■■■■ 5.86
SHROOM4Q9ULL8 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC51.63■■■■■ 5.86
SHROOM4Q9ULL8 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.62■■■■■ 5.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.5 ms