Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZR4

VSX1, Visual system homeobox 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 365 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX1Q9NZR4 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VSX1Q9NZR4 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VSX1Q9NZR4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VSX1Q9NZR4 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VSX1Q9NZR4 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.47
VSX1Q9NZR4 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VSX1Q9NZR4 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VSX1Q9NZR4 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VSX1Q9NZR4 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VSX1Q9NZR4 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VSX1Q9NZR4 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VSX1Q9NZR4 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VSX1Q9NZR4 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
VSX1Q9NZR4 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
VSX1Q9NZR4 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VSX1Q9NZR4 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VSX1Q9NZR4 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VSX1Q9NZR4 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VSX1Q9NZR4 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VSX1Q9NZR4 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VSX1Q9NZR4 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VSX1Q9NZR4 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VSX1Q9NZR4 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VSX1Q9NZR4 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VSX1Q9NZR4 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VSX1Q9NZR4 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VSX1Q9NZR4 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VSX1Q9NZR4 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VSX1Q9NZR4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VSX1Q9NZR4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VSX1Q9NZR4 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VSX1Q9NZR4 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VSX1Q9NZR4 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VSX1Q9NZR4 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
VSX1Q9NZR4 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
VSX1Q9NZR4 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
VSX1Q9NZR4 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VSX1Q9NZR4 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VSX1Q9NZR4 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VSX1Q9NZR4 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
VSX1Q9NZR4 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VSX1Q9NZR4 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VSX1Q9NZR4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VSX1Q9NZR4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VSX1Q9NZR4 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
VSX1Q9NZR4 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VSX1Q9NZR4 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VSX1Q9NZR4 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VSX1Q9NZR4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VSX1Q9NZR4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VSX1Q9NZR4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
VSX1Q9NZR4 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.7 ms