Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXB0

MKS1, Meckel syndrome type 1 protein, humanhuman

Predictions only

Length 559 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MKS1Q9NXB0 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
MKS1Q9NXB0 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
MKS1Q9NXB0 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
MKS1Q9NXB0 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
MKS1Q9NXB0 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
MKS1Q9NXB0 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
MKS1Q9NXB0 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
MKS1Q9NXB0 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
MKS1Q9NXB0 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
MKS1Q9NXB0 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
MKS1Q9NXB0 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
MKS1Q9NXB0 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
MKS1Q9NXB0 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
MKS1Q9NXB0 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
MKS1Q9NXB0 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
MKS1Q9NXB0 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
MKS1Q9NXB0 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
MKS1Q9NXB0 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
MKS1Q9NXB0 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
MKS1Q9NXB0 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
MKS1Q9NXB0 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
MKS1Q9NXB0 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
MKS1Q9NXB0 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
MKS1Q9NXB0 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
MKS1Q9NXB0 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
MKS1Q9NXB0 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
MKS1Q9NXB0 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
MKS1Q9NXB0 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
MKS1Q9NXB0 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.89■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.84■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
MKS1Q9NXB0 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
MKS1Q9NXB0 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
MKS1Q9NXB0 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
MKS1Q9NXB0 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
MKS1Q9NXB0 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
MKS1Q9NXB0 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
MKS1Q9NXB0 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
MKS1Q9NXB0 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
MKS1Q9NXB0 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
MKS1Q9NXB0 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
MKS1Q9NXB0 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
MKS1Q9NXB0 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
MKS1Q9NXB0 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
MKS1Q9NXB0 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
MKS1Q9NXB0 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
MKS1Q9NXB0 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
MKS1Q9NXB0 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
MKS1Q9NXB0 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.86
MKS1Q9NXB0 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
MKS1Q9NXB0 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
MKS1Q9NXB0 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
MKS1Q9NXB0 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
MKS1Q9NXB0 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
MKS1Q9NXB0 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
MKS1Q9NXB0 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
MKS1Q9NXB0 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
MKS1Q9NXB0 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
MKS1Q9NXB0 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
MKS1Q9NXB0 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
MKS1Q9NXB0 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
MKS1Q9NXB0 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
MKS1Q9NXB0 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
MKS1Q9NXB0 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
MKS1Q9NXB0 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
MKS1Q9NXB0 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms