Protein–RNA interactions for Protein: Q9HC56

PCDH9, Protocadherin-9, humanhuman

Predictions only

Length 1,237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH9Q9HC56 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
PCDH9Q9HC56 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
PCDH9Q9HC56 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
PCDH9Q9HC56 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
PCDH9Q9HC56 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
PCDH9Q9HC56 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
PCDH9Q9HC56 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
PCDH9Q9HC56 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
PCDH9Q9HC56 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDH9Q9HC56 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
PCDH9Q9HC56 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
PCDH9Q9HC56 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
PCDH9Q9HC56 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
PCDH9Q9HC56 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
PCDH9Q9HC56 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
PCDH9Q9HC56 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
PCDH9Q9HC56 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
PCDH9Q9HC56 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
PCDH9Q9HC56 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
PCDH9Q9HC56 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
PCDH9Q9HC56 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
PCDH9Q9HC56 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
PCDH9Q9HC56 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
PCDH9Q9HC56 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
PCDH9Q9HC56 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
PCDH9Q9HC56 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
PCDH9Q9HC56 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
PCDH9Q9HC56 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
PCDH9Q9HC56 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
PCDH9Q9HC56 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
PCDH9Q9HC56 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
PCDH9Q9HC56 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
PCDH9Q9HC56 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
PCDH9Q9HC56 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
PCDH9Q9HC56 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
PCDH9Q9HC56 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
PCDH9Q9HC56 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
PCDH9Q9HC56 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
PCDH9Q9HC56 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
PCDH9Q9HC56 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
PCDH9Q9HC56 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
PCDH9Q9HC56 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCDH9Q9HC56 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCDH9Q9HC56 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCDH9Q9HC56 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCDH9Q9HC56 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCDH9Q9HC56 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
PCDH9Q9HC56 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
PCDH9Q9HC56 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC27.77■■■□□ 2.04
PCDH9Q9HC56 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
PCDH9Q9HC56 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
PCDH9Q9HC56 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
PCDH9Q9HC56 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
PCDH9Q9HC56 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms