Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
NUP88Q99567 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC31.84■■■□□ 2.69
NUP88Q99567 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
NUP88Q99567 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
NUP88Q99567 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
NUP88Q99567 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
NUP88Q99567 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.8■■■□□ 2.68
NUP88Q99567 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC31.8■■■□□ 2.68
NUP88Q99567 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC31.8■■■□□ 2.68
NUP88Q99567 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
NUP88Q99567 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC31.79■■■□□ 2.68
NUP88Q99567 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
NUP88Q99567 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.78■■■□□ 2.68
NUP88Q99567 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
NUP88Q99567 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC31.77■■■□□ 2.68
NUP88Q99567 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
NUP88Q99567 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC31.76■■■□□ 2.67
NUP88Q99567 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC31.74■■■□□ 2.67
NUP88Q99567 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC31.74■■■□□ 2.67
NUP88Q99567 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
NUP88Q99567 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
NUP88Q99567 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC31.71■■■□□ 2.67
NUP88Q99567 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
NUP88Q99567 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
NUP88Q99567 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC31.7■■■□□ 2.67
NUP88Q99567 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.7■■■□□ 2.66
NUP88Q99567 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC31.7■■■□□ 2.66
NUP88Q99567 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.66
NUP88Q99567 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC31.7■■■□□ 2.66
NUP88Q99567 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC31.69■■■□□ 2.66
NUP88Q99567 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
NUP88Q99567 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.67■■■□□ 2.66
NUP88Q99567 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.64■■■□□ 2.66
NUP88Q99567 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
NUP88Q99567 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
NUP88Q99567 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
NUP88Q99567 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
NUP88Q99567 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
NUP88Q99567 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
NUP88Q99567 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.6■■■□□ 2.65
NUP88Q99567 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
NUP88Q99567 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC31.59■■■□□ 2.65
NUP88Q99567 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
NUP88Q99567 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC31.58■■■□□ 2.65
NUP88Q99567 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
NUP88Q99567 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC31.57■■■□□ 2.64
NUP88Q99567 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.57■■■□□ 2.64
NUP88Q99567 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC31.57■■■□□ 2.64
NUP88Q99567 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC31.57■■■□□ 2.64
NUP88Q99567 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
NUP88Q99567 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC31.54■■■□□ 2.64
NUP88Q99567 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
NUP88Q99567 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
NUP88Q99567 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
NUP88Q99567 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.64
NUP88Q99567 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
NUP88Q99567 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
NUP88Q99567 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
NUP88Q99567 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC31.48■■■□□ 2.63
NUP88Q99567 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
NUP88Q99567 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
NUP88Q99567 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
NUP88Q99567 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
NUP88Q99567 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC31.45■■■□□ 2.63
NUP88Q99567 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC31.44■■■□□ 2.62
NUP88Q99567 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC31.43■■■□□ 2.62
NUP88Q99567 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
NUP88Q99567 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
NUP88Q99567 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
NUP88Q99567 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
NUP88Q99567 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.62
NUP88Q99567 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.62
NUP88Q99567 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC31.38■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC31.38■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC31.36■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.35■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC31.33■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC31.32■■■□□ 2.61
NUP88Q99567 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC31.31■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.31■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC31.31■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC31.3■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC31.29■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC31.28■■■□□ 2.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms