Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.19■■■□□ 2.58
USP28Q96RU2 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
USP28Q96RU2 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
USP28Q96RU2 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
USP28Q96RU2 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
USP28Q96RU2 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.58
USP28Q96RU2 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
USP28Q96RU2 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
USP28Q96RU2 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
USP28Q96RU2 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
USP28Q96RU2 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
USP28Q96RU2 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
USP28Q96RU2 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
USP28Q96RU2 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
USP28Q96RU2 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
USP28Q96RU2 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
USP28Q96RU2 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
USP28Q96RU2 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC31.07■■■□□ 2.56
USP28Q96RU2 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
USP28Q96RU2 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.06■■■□□ 2.56
USP28Q96RU2 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
USP28Q96RU2 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
USP28Q96RU2 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
USP28Q96RU2 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
USP28Q96RU2 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.03■■■□□ 2.56
USP28Q96RU2 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.02■■■□□ 2.56
USP28Q96RU2 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
USP28Q96RU2 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC31.01■■■□□ 2.55
USP28Q96RU2 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.55
USP28Q96RU2 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
USP28Q96RU2 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
USP28Q96RU2 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
USP28Q96RU2 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
USP28Q96RU2 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC30.97■■■□□ 2.55
USP28Q96RU2 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
USP28Q96RU2 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC30.92■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.92■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
USP28Q96RU2 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.88■■■□□ 2.53
USP28Q96RU2 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.88■■■□□ 2.53
USP28Q96RU2 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
USP28Q96RU2 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
USP28Q96RU2 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
USP28Q96RU2 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
USP28Q96RU2 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
USP28Q96RU2 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC30.85■■■□□ 2.53
USP28Q96RU2 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.85■■■□□ 2.53
USP28Q96RU2 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.85■■■□□ 2.53
USP28Q96RU2 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
USP28Q96RU2 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
USP28Q96RU2 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
USP28Q96RU2 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
USP28Q96RU2 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
USP28Q96RU2 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
USP28Q96RU2 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
USP28Q96RU2 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
USP28Q96RU2 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
USP28Q96RU2 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
USP28Q96RU2 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
USP28Q96RU2 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
USP28Q96RU2 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
USP28Q96RU2 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC30.77■■■□□ 2.52
USP28Q96RU2 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
USP28Q96RU2 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
USP28Q96RU2 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC30.73■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC30.73■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.72■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.7■■■□□ 2.51
USP28Q96RU2 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.69■■■□□ 2.5
USP28Q96RU2 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
USP28Q96RU2 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
USP28Q96RU2 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
USP28Q96RU2 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC30.67■■■□□ 2.5
USP28Q96RU2 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC30.66■■■□□ 2.5
USP28Q96RU2 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
USP28Q96RU2 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC30.65■■■□□ 2.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms