Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
VMP1Q96GC9 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
VMP1Q96GC9 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
VMP1Q96GC9 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VMP1Q96GC9 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
VMP1Q96GC9 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VMP1Q96GC9 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VMP1Q96GC9 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VMP1Q96GC9 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VMP1Q96GC9 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VMP1Q96GC9 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VMP1Q96GC9 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VMP1Q96GC9 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VMP1Q96GC9 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VMP1Q96GC9 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VMP1Q96GC9 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VMP1Q96GC9 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
VMP1Q96GC9 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VMP1Q96GC9 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VMP1Q96GC9 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VMP1Q96GC9 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VMP1Q96GC9 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VMP1Q96GC9 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VMP1Q96GC9 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VMP1Q96GC9 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VMP1Q96GC9 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VMP1Q96GC9 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VMP1Q96GC9 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VMP1Q96GC9 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
VMP1Q96GC9 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VMP1Q96GC9 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VMP1Q96GC9 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VMP1Q96GC9 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VMP1Q96GC9 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VMP1Q96GC9 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VMP1Q96GC9 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VMP1Q96GC9 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VMP1Q96GC9 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VMP1Q96GC9 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VMP1Q96GC9 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VMP1Q96GC9 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VMP1Q96GC9 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VMP1Q96GC9 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VMP1Q96GC9 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VMP1Q96GC9 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VMP1Q96GC9 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VMP1Q96GC9 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
VMP1Q96GC9 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.3 ms