Protein–RNA interactions for Protein: Q8N1B4

VPS52, Vacuolar protein sorting-associated protein 52 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 723 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS52Q8N1B4 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
VPS52Q8N1B4 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
VPS52Q8N1B4 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
VPS52Q8N1B4 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
VPS52Q8N1B4 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
VPS52Q8N1B4 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS52Q8N1B4 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS52Q8N1B4 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS52Q8N1B4 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS52Q8N1B4 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS52Q8N1B4 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS52Q8N1B4 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
VPS52Q8N1B4 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
VPS52Q8N1B4 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
VPS52Q8N1B4 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VPS52Q8N1B4 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
VPS52Q8N1B4 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS52Q8N1B4 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
VPS52Q8N1B4 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
VPS52Q8N1B4 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
VPS52Q8N1B4 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
VPS52Q8N1B4 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
VPS52Q8N1B4 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC29.26■■■□□ 2.27
VPS52Q8N1B4 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
VPS52Q8N1B4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
VPS52Q8N1B4 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.2■■■□□ 2.26
VPS52Q8N1B4 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
VPS52Q8N1B4 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
VPS52Q8N1B4 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC29.19■■■□□ 2.26
VPS52Q8N1B4 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
VPS52Q8N1B4 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
VPS52Q8N1B4 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS52Q8N1B4 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS52Q8N1B4 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS52Q8N1B4 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
VPS52Q8N1B4 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
VPS52Q8N1B4 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
VPS52Q8N1B4 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC29.16■■■□□ 2.26
VPS52Q8N1B4 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
VPS52Q8N1B4 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS52Q8N1B4 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS52Q8N1B4 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS52Q8N1B4 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS52Q8N1B4 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
VPS52Q8N1B4 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
VPS52Q8N1B4 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
VPS52Q8N1B4 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
VPS52Q8N1B4 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
VPS52Q8N1B4 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
VPS52Q8N1B4 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
VPS52Q8N1B4 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
VPS52Q8N1B4 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
VPS52Q8N1B4 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
VPS52Q8N1B4 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
VPS52Q8N1B4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
VPS52Q8N1B4 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
VPS52Q8N1B4 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
VPS52Q8N1B4 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
VPS52Q8N1B4 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
VPS52Q8N1B4 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.97■■■□□ 2.23
VPS52Q8N1B4 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
VPS52Q8N1B4 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
VPS52Q8N1B4 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
VPS52Q8N1B4 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
VPS52Q8N1B4 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.9■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
VPS52Q8N1B4 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10 ms