Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

Predictions only

Length 688 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
USP49Q70CQ1 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
USP49Q70CQ1 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC30.76■■■□□ 2.52
USP49Q70CQ1 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
USP49Q70CQ1 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
USP49Q70CQ1 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
USP49Q70CQ1 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
USP49Q70CQ1 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.7■■■□□ 2.51
USP49Q70CQ1 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.7■■■□□ 2.51
USP49Q70CQ1 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC30.68■■■□□ 2.5
USP49Q70CQ1 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC30.68■■■□□ 2.5
USP49Q70CQ1 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC30.67■■■□□ 2.5
USP49Q70CQ1 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC30.67■■■□□ 2.5
USP49Q70CQ1 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC30.65■■■□□ 2.5
USP49Q70CQ1 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
USP49Q70CQ1 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
USP49Q70CQ1 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
USP49Q70CQ1 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
USP49Q70CQ1 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC30.61■■■□□ 2.49
USP49Q70CQ1 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC30.61■■■□□ 2.49
USP49Q70CQ1 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
USP49Q70CQ1 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC30.6■■■□□ 2.49
USP49Q70CQ1 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
USP49Q70CQ1 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.57■■■□□ 2.48
USP49Q70CQ1 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
USP49Q70CQ1 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC30.55■■■□□ 2.48
USP49Q70CQ1 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.55■■■□□ 2.48
USP49Q70CQ1 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC30.54■■■□□ 2.48
USP49Q70CQ1 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC30.54■■■□□ 2.48
USP49Q70CQ1 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC30.54■■■□□ 2.48
USP49Q70CQ1 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
USP49Q70CQ1 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
USP49Q70CQ1 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
USP49Q70CQ1 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
USP49Q70CQ1 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
USP49Q70CQ1 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.47
USP49Q70CQ1 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
USP49Q70CQ1 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.48■■■□□ 2.47
USP49Q70CQ1 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
USP49Q70CQ1 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
USP49Q70CQ1 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC30.42■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC30.41■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC30.41■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC30.39■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
USP49Q70CQ1 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
USP49Q70CQ1 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
USP49Q70CQ1 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
USP49Q70CQ1 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
USP49Q70CQ1 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.35■■■□□ 2.45
USP49Q70CQ1 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
USP49Q70CQ1 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC30.34■■■□□ 2.45
USP49Q70CQ1 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
USP49Q70CQ1 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
USP49Q70CQ1 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
USP49Q70CQ1 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
USP49Q70CQ1 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
USP49Q70CQ1 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
USP49Q70CQ1 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
USP49Q70CQ1 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
USP49Q70CQ1 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
USP49Q70CQ1 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
USP49Q70CQ1 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
USP49Q70CQ1 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
USP49Q70CQ1 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
USP49Q70CQ1 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
USP49Q70CQ1 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC30.29■■■□□ 2.44
USP49Q70CQ1 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
USP49Q70CQ1 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
USP49Q70CQ1 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
USP49Q70CQ1 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
USP49Q70CQ1 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC30.24■■■□□ 2.43
USP49Q70CQ1 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.24■■■□□ 2.43
USP49Q70CQ1 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
USP49Q70CQ1 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
USP49Q70CQ1 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
USP49Q70CQ1 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP49Q70CQ1 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP49Q70CQ1 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.43
USP49Q70CQ1 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
USP49Q70CQ1 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC30.2■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.3 ms