Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 HNRNPDL-209ENST00000630114 1433 ntTSL 519.36■□□□□ 0.692e-6■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 HNRNPDL-202ENST00000349655 1402 ntTSL 1 (best)16.62■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.22e-6■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.092e-6■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 HNRNPDL-207ENST00000614627 3968 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.222e-6■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 HNRNPDL-201ENST00000295470 3781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.672e-6■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 HNRNPDL-204ENST00000507721 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.42□□□□□ -1.062e-6■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 GIGYF2-202ENST00000409196 5747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.23□□□□□ -0.775e-8■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 GIGYF2-203ENST00000409451 5937 ntTSL 1 (best) BASIC9.5□□□□□ -0.895e-8■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 GIGYF2-204ENST00000409480 5976 ntTSL 5 BASIC9.24□□□□□ -0.935e-8■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 GIGYF2-205ENST00000409547 5978 ntTSL 1 (best) BASIC9.18□□□□□ -0.945e-8■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 GIGYF2-220ENST00000440945 2658 ntTSL 1 (best)8.63□□□□□ -1.035e-8■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 GIGYF2-201ENST00000373563 5847 ntTSL 1 (best) BASIC8.59□□□□□ -1.035e-8■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 GIGYF2-246ENST00000629305 7878 ntTSL 5 BASIC6.05□□□□□ -1.445e-8■■■■■ 28.3
CPSF6Q16630 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.757e-14■■■■■ 28.2
CPSF6Q16630 RHOBTB3-202ENST00000502541 693 ntTSL 57.54□□□□□ -1.27e-14■■■■■ 28.2
CPSF6Q16630 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.612e-6■■■■■ 28
CPSF6Q16630 MRPS6-203ENST00000482679 1956 ntTSL 25.8□□□□□ -1.483e-7■■■■■ 27.8
CPSF6Q16630 MRPS6-204ENST00000483977 3934 ntTSL 1 (best)3.89□□□□□ -1.793e-7■■■■■ 27.8
CPSF6Q16630 KIAA0907-203ENST00000368321 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.1□□□□□ -0.632e-7■■■■■ 27.6
CPSF6Q16630 KIAA0907-202ENST00000368320 4499 ntTSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.652e-7■■■■■ 27.6
CPSF6Q16630 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.332e-7■■■■■ 27.5
CPSF6Q16630 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.792e-7■■■■■ 27.5
CPSF6Q16630 HOXC6-204ENST00000509328 358 ntTSL 319.1■□□□□ 0.652e-7■■■■■ 27.5
CPSF6Q16630 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.55□□□□□ -0.082e-7■■■■■ 27.5
CPSF6Q16630 HOXC9-202ENST00000504557 581 ntTSL 313.37□□□□□ -0.272e-7■■■■■ 27.5
CPSF6Q16630 HOXC6-203ENST00000504315 538 ntTSL 312.73□□□□□ -0.372e-7■■■■■ 27.5
CPSF6Q16630 TARDBP-206ENST00000473869 1946 ntTSL 510.53□□□□□ -0.722e-7■■■■■ 27.5
CPSF6Q16630 NOM1-207ENST00000486131 997 ntTSL 29.49□□□□□ -0.892e-7■■■■■ 27.5
CPSF6Q16630 TARDBP-214ENST00000613177 379 ntTSL 38.07□□□□□ -1.122e-7■■■■■ 27.5
CPSF6Q16630 TARDBP-222ENST00000620505 657 ntTSL 58.04□□□□□ -1.122e-7■■■■■ 27.5
CPSF6Q16630 TARDBP-208ENST00000477447 409 ntTSL 55.26□□□□□ -1.572e-7■■■■■ 27.5
CPSF6Q16630 UBE2K-207ENST00000513231 871 ntTSL 1 (best)22.37■■□□□ 1.173e-13■■■■■ 27.3
CPSF6Q16630 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.783e-13■■■■■ 27.3
CPSF6Q16630 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.593e-13■■■■■ 27.3
CPSF6Q16630 UBE2K-202ENST00000438068 2262 ntTSL 218.58■□□□□ 0.563e-13■■■■■ 27.3
CPSF6Q16630 UBE2K-206ENST00000510934 589 ntTSL 218.39■□□□□ 0.533e-13■■■■■ 27.3
CPSF6Q16630 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.523e-13■■■■■ 27.3
CPSF6Q16630 UBE2K-205ENST00000510719 566 ntTSL 310.39□□□□□ -0.753e-13■■■■■ 27.3
CPSF6Q16630 ANKRD10-206ENST00000465753 997 ntTSL 1 (best)17.08■□□□□ 0.323e-8■■■■■ 27.2
CPSF6Q16630 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.25e-18■■■■■ 27
CPSF6Q16630 TVP23C-CDRT4-204ENST00000557349 1005 ntTSL 215.79■□□□□ 0.125e-18■■■■■ 27
CPSF6Q16630 TVP23C-CDRT4-203ENST00000522212 2833 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.44□□□□□ -0.425e-18■■■■■ 27
CPSF6Q16630 TVP23C-208ENST00000581273 488 ntTSL 36.97□□□□□ -1.295e-18■■■■■ 27
CPSF6Q16630 TVP23C-CDRT4-201ENST00000481756 556 ntTSL 45.3□□□□□ -1.565e-18■■■■■ 27
CPSF6Q16630 TVP23C-CDRT4-202ENST00000518506 520 ntTSL 52.72□□□□□ -1.975e-18■■■■■ 27
CPSF6Q16630 PRPF4B-206ENST00000481109 2364 ntTSL 1 (best)9.18□□□□□ -0.943e-6■■■■■ 27
CPSF6Q16630 PRPF4B-203ENST00000463634 2590 ntTSL 57.91□□□□□ -1.143e-6■■■■■ 27
CPSF6Q16630 PRPF4B-202ENST00000461612 629 ntTSL 27.05□□□□□ -1.283e-6■■■■■ 27
CPSF6Q16630 AC087380.1-204ENST00000418729 1026 ntTSL 1 (best)11.5□□□□□ -0.574e-8■■■■■ 26.9
CPSF6Q16630 HBG2-203ENST00000380259 1772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.09□□□□□ -0.794e-8■■■■■ 26.9
CPSF6Q16630 HBG2-202ENST00000380252 694 ntTSL 3 BASIC9.9□□□□□ -0.824e-8■■■■■ 26.9
CPSF6Q16630 AC087380.1-202ENST00000415970 1163 ntTSL 2 BASIC9.57□□□□□ -0.884e-8■■■■■ 26.9
CPSF6Q16630 HBE1-202ENST00000380237 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.9□□□□□ -0.984e-8■■■■■ 26.9
CPSF6Q16630 AC087380.1-201ENST00000420465 1001 ntTSL 37.7□□□□□ -1.184e-8■■■■■ 26.9
CPSF6Q16630 AC087380.1-203ENST00000420726 752 ntTSL 56.15□□□□□ -1.424e-8■■■■■ 26.9
CPSF6Q16630 HBE1-203ENST00000396895 578 ntTSL 55.27□□□□□ -1.574e-8■■■■■ 26.9
CPSF6Q16630 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.021e-6■■■■□ 26.7
CPSF6Q16630 CPSF6-201ENST00000266679 2229 ntTSL 1 (best) BASIC12.6□□□□□ -0.391e-6■■■■□ 26.7
CPSF6Q16630 CPSF6-202ENST00000435070 6616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.19□□□□□ -1.261e-6■■■■□ 26.7
CPSF6Q16630 BRD8-219ENST00000472478 745 ntTSL 39.71□□□□□ -0.864e-7■■■■□ 26.5
CPSF6Q16630 BRD8-203ENST00000402931 2982 ntTSL 5 BASIC7.94□□□□□ -1.144e-7■■■■□ 26.5
CPSF6Q16630 BRD8-202ENST00000254900 4388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.82□□□□□ -1.164e-7■■■■□ 26.5
CPSF6Q16630 BRD8-201ENST00000230901 3198 ntTSL 1 (best) BASIC7.53□□□□□ -1.24e-7■■■■□ 26.5
CPSF6Q16630 BRD8-204ENST00000411594 2967 ntTSL 5 BASIC7.16□□□□□ -1.264e-7■■■■□ 26.5
CPSF6Q16630 BRD8-224ENST00000512140 2876 ntTSL 27.1□□□□□ -1.274e-7■■■■□ 26.5
CPSF6Q16630 BRD8-214ENST00000454473 3005 ntTSL 56.12□□□□□ -1.434e-7■■■■□ 26.5
CPSF6Q16630 BRD8-205ENST00000418329 2912 ntTSL 55.95□□□□□ -1.464e-7■■■■□ 26.5
CPSF6Q16630 BRD8-211ENST00000441656 2899 ntTSL 55.87□□□□□ -1.474e-7■■■■□ 26.5
CPSF6Q16630 AC108516.2-201ENST00000508163 349 ntTSL 5 BASIC8.38□□□□□ -1.077e-7■■■■□ 26.3
CPSF6Q16630 GPS2-208ENST00000572172 1534 ntTSL 524.14■■□□□ 1.455e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 GPS2-205ENST00000571569 1586 ntTSL 1 (best)21.7■■□□□ 1.065e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 GPS2-204ENST00000571098 1045 ntTSL 219.42■□□□□ 0.75e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.655e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 GPS2-207ENST00000571697 1977 ntTSL 218.89■□□□□ 0.615e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.555e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 AC026954.2-201ENST00000315601 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 217.7■□□□□ 0.425e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.335e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 PSME4-201ENST00000389993 6581 ntTSL 1 (best)14.69□□□□□ -0.065e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 GPS2-211ENST00000573059 829 ntTSL 314.44□□□□□ -0.15e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 CSF1-201ENST00000329608 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.115e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 GPS2-209ENST00000572363 1143 ntTSL 513.86□□□□□ -0.195e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 PSME4-202ENST00000404125 7099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.25e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 GPS2-214ENST00000574201 550 ntTSL 213.73□□□□□ -0.215e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 GPS2-216ENST00000577040 916 ntTSL 513.33□□□□□ -0.285e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 GPS2-210ENST00000572707 878 ntTSL 313.17□□□□□ -0.35e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 ZFC3H1-201ENST00000378743 7285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.37□□□□□ -0.435e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 ZFC3H1-212ENST00000552994 7597 ntTSL 1 (best)12.17□□□□□ -0.465e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 GPS2-202ENST00000389167 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.615e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 GPS2-203ENST00000570780 1238 ntTSL 511.02□□□□□ -0.655e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 SERINC1-201ENST00000339697 3137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.855e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 PSME4-206ENST00000476586 1422 ntTSL 1 (best)7.35□□□□□ -1.235e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 PSME4-209ENST00000488687 3073 ntTSL 26.01□□□□□ -1.455e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 GPS2-206ENST00000571695 563 ntTSL 25.4□□□□□ -1.545e-7■■■■□ 26.2
CPSF6Q16630 GTPBP4-202ENST00000360803 5075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.31e-6■■■■□ 26.1
CPSF6Q16630 GTPBP4-203ENST00000483839 596 ntTSL 27.86□□□□□ -1.151e-6■■■■□ 26.1
CPSF6Q16630 ERV3-1-201ENST00000394323 2719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.68□□□□□ -1.182e-11■■■■□ 25.7
CPSF6Q16630 CPED1-209ENST00000520801 553 ntTSL 410.47□□□□□ -0.732e-6■■■■□ 25.7
CPSF6Q16630 CPED1-208ENST00000495036 2198 ntTSL 1 (best)9.16□□□□□ -0.942e-6■■■■□ 25.7
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