RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000266679.8

CPSF6-201, Transcript of cleavage and polyadenylation specific factor 6, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CPSF6, Length 2,229 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6-201ENST00000266679 NISCHQ9Y2I1 1504 aa27.48■■□□□ 1.99
CPSF6-201ENST00000266679 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa24.58■■□□□ 1.52
CPSF6-201ENST00000266679 ABCC9O60706 1549 aa24.45■■□□□ 1.5
CPSF6-201ENST00000266679 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa23.27■■□□□ 1.32
CPSF6-201ENST00000266679 DCAF8L2P0C7V8 631 aa23.16■■□□□ 1.3
CPSF6-201ENST00000266679 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP23.15■■□□□ 1.3
CPSF6-201ENST00000266679 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa23.13■■□□□ 1.29
CPSF6-201ENST00000266679 NACADO15069 1562 aa23.13■■□□□ 1.29
CPSF6-201ENST00000266679 UNC13AQ9UPW8 1703 aa22.92■■□□□ 1.26
CPSF6-201ENST00000266679 MYO15BQ96JP2 1530 aa22.8■■□□□ 1.24
CPSF6-201ENST00000266679 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP22.78■■□□□ 1.24
CPSF6-201ENST00000266679 DNAJC5BQ9UF47 199 aa22.72■■□□□ 1.23
CPSF6-201ENST00000266679 BICRAQ9NZM4 1560 aa22.66■■□□□ 1.22
CPSF6-201ENST00000266679 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa22.62■■□□□ 1.21
CPSF6-201ENST00000266679 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP22.55■■□□□ 1.2
CPSF6-201ENST00000266679 SCRIBQ14160 1630 aa22.52■■□□□ 1.2
CPSF6-201ENST00000266679 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa22.08■■□□□ 1.13
CPSF6-201ENST00000266679 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP22.06■■□□□ 1.12
CPSF6-201ENST00000266679 CECR2Q9BXF3 1484 aa21.94■■□□□ 1.1
CPSF6-201ENST00000266679 CHIC1Q5VXU3 224 aa21.84■■□□□ 1.09
CPSF6-201ENST00000266679 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP21.54■■□□□ 1.04
CPSF6-201ENST00000266679 SMARCA4P51532 1647 aa21.44■■□□□ 1.02
CPSF6-201ENST00000266679 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa21.35■■□□□ 1.01
CPSF6-201ENST00000266679 NCAPD3P42695 1498 aa21.33■■□□□ 1
CPSF6-201ENST00000266679 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP21.3■■□□□ 1
CPSF6-201ENST00000266679 SMARCA2P51531 1590 aa21.28■■□□□ 1
CPSF6-201ENST00000266679 MROH2BQ7Z745 1585 aa21.27■■□□□ 1
CPSF6-201ENST00000266679 HMGXB3Q12766 1538 aa21.23■□□□□ 0.99
CPSF6-201ENST00000266679 WIZO95785 1651 aa21.19■□□□□ 0.98
CPSF6-201ENST00000266679 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP21.18■□□□□ 0.98
CPSF6-201ENST00000266679 PEG3Q9GZU2 1588 aa21.16■□□□□ 0.98
CPSF6-201ENST00000266679 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa21.15■□□□□ 0.98
CPSF6-201ENST00000266679 NESP48681 1621 aa21.09■□□□□ 0.97
CPSF6-201ENST00000266679 ERCC6Q03468 1493 aa21.05■□□□□ 0.96
CPSF6-201ENST00000266679 TRIM41Q8WV44 630 aa21.02■□□□□ 0.96
CPSF6-201ENST00000266679 PCGF6Q9BYE7 350 aa20.94■□□□□ 0.94
CPSF6-201ENST00000266679 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP20.86■□□□□ 0.93
CPSF6-201ENST00000266679 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa20.86■□□□□ 0.93
CPSF6-201ENST00000266679 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa20.86■□□□□ 0.93
CPSF6-201ENST00000266679 CUX2O14529 1486 aa20.86■□□□□ 0.93
CPSF6-201ENST00000266679 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP20.84■□□□□ 0.93
CPSF6-201ENST00000266679 HRCP23327 699 aa20.83■□□□□ 0.93
CPSF6-201ENST00000266679 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP20.81■□□□□ 0.92
CPSF6-201ENST00000266679 CCDC88BA6NC98 1476 aa20.71■□□□□ 0.91
CPSF6-201ENST00000266679 CADPSQ9ULU8 1353 aa20.71■□□□□ 0.91
CPSF6-201ENST00000266679 PDS5BQ9NTI5 1447 aa20.69■□□□□ 0.9
CPSF6-201ENST00000266679 EHMT2Q96KQ7 1210 aa20.66■□□□□ 0.9
CPSF6-201ENST00000266679 ABCC8Q09428 1581 aa20.62■□□□□ 0.89
CPSF6-201ENST00000266679 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP20.61■□□□□ 0.89
CPSF6-201ENST00000266679 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa20.6■□□□□ 0.89
CPSF6-201ENST00000266679 MRC2Q9UBG0 1479 aa20.56■□□□□ 0.88
CPSF6-201ENST00000266679 CFTRP13569 1480 aa20.53■□□□□ 0.88
CPSF6-201ENST00000266679 FANCD2Q9BXW9 1451 aa20.53■□□□□ 0.88
CPSF6-201ENST00000266679 CEP164Q9UPV0 1460 aa20.53■□□□□ 0.88
CPSF6-201ENST00000266679 WDR62O43379 1518 aa20.51■□□□□ 0.87
CPSF6-201ENST00000266679 PRDM2Q13029 1718 aa20.47■□□□□ 0.87
CPSF6-201ENST00000266679 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP20.42■□□□□ 0.86
CPSF6-201ENST00000266679 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP20.39■□□□□ 0.85
CPSF6-201ENST00000266679 SOGA1O94964 1423 aa20.33■□□□□ 0.84
CPSF6-201ENST00000266679 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP20.26■□□□□ 0.83
CPSF6-201ENST00000266679 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa20.25■□□□□ 0.83
CPSF6-201ENST00000266679 EEA1Q15075 1411 aa20.23■□□□□ 0.83
CPSF6-201ENST00000266679 SYNJ1O43426 1573 aa20.23■□□□□ 0.83
CPSF6-201ENST00000266679 TOPBP1Q92547 1522 aa20.17■□□□□ 0.82
CPSF6-201ENST00000266679 CEP162Q5TB80 1403 aa20.17■□□□□ 0.82
CPSF6-201ENST00000266679 CSRNP3Q8WYN3 585 aa20.16■□□□□ 0.82
CPSF6-201ENST00000266679 TNIKQ9UKE5 1360 aa20.13■□□□□ 0.81
CPSF6-201ENST00000266679 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP20.12■□□□□ 0.81
CPSF6-201ENST00000266679 DNMBPQ6XZF7 1577 aa20.11■□□□□ 0.81
CPSF6-201ENST00000266679 GOLGA3Q08378 1498 aa20.1■□□□□ 0.81
CPSF6-201ENST00000266679 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP20.08■□□□□ 0.8
CPSF6-201ENST00000266679 IFT140Q96RY7 1462 aa20.07■□□□□ 0.8
CPSF6-201ENST00000266679 UBTFP17480 764 aaKnown RBP20.06■□□□□ 0.8
CPSF6-201ENST00000266679 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP20.04■□□□□ 0.8
CPSF6-201ENST00000266679 KIF21BO75037 1637 aa20.03■□□□□ 0.8
CPSF6-201ENST00000266679 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP20.01■□□□□ 0.79
CPSF6-201ENST00000266679 TOP2BQ02880 1626 aa20■□□□□ 0.79
CPSF6-201ENST00000266679 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP19.99■□□□□ 0.79
CPSF6-201ENST00000266679 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa19.98■□□□□ 0.79
CPSF6-201ENST00000266679 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP19.97■□□□□ 0.79
CPSF6-201ENST00000266679 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa19.95■□□□□ 0.78
CPSF6-201ENST00000266679 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP19.94■□□□□ 0.781e-6■■■■□ 22
CPSF6-201ENST00000266679 CUX1P39880 1505 aa19.94■□□□□ 0.78
CPSF6-201ENST00000266679 OSCARQ8IYS5 282 aa19.92■□□□□ 0.78
CPSF6-201ENST00000266679 FGD5Q6ZNL6 1462 aa19.91■□□□□ 0.78
CPSF6-201ENST00000266679 CHD1O14646 1710 aa19.89■□□□□ 0.77
CPSF6-201ENST00000266679 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa19.87■□□□□ 0.77
CPSF6-201ENST00000266679 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP19.84■□□□□ 0.77
CPSF6-201ENST00000266679 CLIP1P30622 1438 aa19.83■□□□□ 0.77
CPSF6-201ENST00000266679 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP19.82■□□□□ 0.76
CPSF6-201ENST00000266679 WDR97A6NE52 1622 aa19.8■□□□□ 0.76
CPSF6-201ENST00000266679 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa19.79■□□□□ 0.76
CPSF6-201ENST00000266679 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa19.79■□□□□ 0.76
CPSF6-201ENST00000266679 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa19.79■□□□□ 0.76
CPSF6-201ENST00000266679 FBLN2P98095 1184 aa19.76■□□□□ 0.75
CPSF6-201ENST00000266679 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP19.76■□□□□ 0.75
CPSF6-201ENST00000266679 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa19.75■□□□□ 0.75
CPSF6-201ENST00000266679 VPS8Q8N3P4 1428 aa19.73■□□□□ 0.75
CPSF6-201ENST00000266679 PBRM1Q86U86 1689 aa19.72■□□□□ 0.75
CPSF6-201ENST00000266679 ERICH3Q5RHP9 1530 aa19.72■□□□□ 0.75
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.4 ms