Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
USP4Q13107 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP4Q13107 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP4Q13107 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
USP4Q13107 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP4Q13107 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP4Q13107 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP4Q13107 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP4Q13107 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP4Q13107 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP4Q13107 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP4Q13107 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
USP4Q13107 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP4Q13107 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP4Q13107 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
USP4Q13107 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP4Q13107 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP4Q13107 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
USP4Q13107 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP4Q13107 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP4Q13107 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP4Q13107 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP4Q13107 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP4Q13107 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP4Q13107 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP4Q13107 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP4Q13107 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP4Q13107 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP4Q13107 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP4Q13107 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP4Q13107 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP4Q13107 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP4Q13107 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP4Q13107 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP4Q13107 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP4Q13107 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP4Q13107 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP4Q13107 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP4Q13107 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
USP4Q13107 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP4Q13107 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP4Q13107 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP4Q13107 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP4Q13107 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP4Q13107 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP4Q13107 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP4Q13107 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP4Q13107 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP4Q13107 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP4Q13107 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP4Q13107 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP4Q13107 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP4Q13107 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP4Q13107 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP4Q13107 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP4Q13107 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP4Q13107 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP4Q13107 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP4Q13107 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP4Q13107 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP4Q13107 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP4Q13107 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP4Q13107 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP4Q13107 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP4Q13107 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP4Q13107 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP4Q13107 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP4Q13107 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP4Q13107 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP4Q13107 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP4Q13107 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP4Q13107 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP4Q13107 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP4Q13107 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP4Q13107 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP4Q13107 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP4Q13107 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
USP4Q13107 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP4Q13107 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP4Q13107 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP4Q13107 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP4Q13107 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP4Q13107 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP4Q13107 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP4Q13107 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP4Q13107 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP4Q13107 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP4Q13107 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP4Q13107 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP4Q13107 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP4Q13107 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP4Q13107 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP4Q13107 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP4Q13107 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP4Q13107 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP4Q13107 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP4Q13107 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP4Q13107 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP4Q13107 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP4Q13107 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
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