Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LMO4P61968 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
LMO4P61968 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LMO4P61968 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LMO4P61968 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LMO4P61968 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LMO4P61968 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LMO4P61968 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LMO4P61968 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LMO4P61968 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LMO4P61968 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LMO4P61968 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LMO4P61968 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LMO4P61968 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LMO4P61968 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LMO4P61968 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LMO4P61968 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LMO4P61968 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LMO4P61968 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LMO4P61968 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LMO4P61968 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LMO4P61968 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LMO4P61968 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LMO4P61968 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LMO4P61968 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LMO4P61968 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LMO4P61968 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LMO4P61968 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LMO4P61968 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LMO4P61968 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LMO4P61968 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LMO4P61968 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LMO4P61968 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LMO4P61968 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
LMO4P61968 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LMO4P61968 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LMO4P61968 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LMO4P61968 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LMO4P61968 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LMO4P61968 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LMO4P61968 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMO4P61968 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMO4P61968 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMO4P61968 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LMO4P61968 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LMO4P61968 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LMO4P61968 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LMO4P61968 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LMO4P61968 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LMO4P61968 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LMO4P61968 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMO4P61968 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMO4P61968 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
LMO4P61968 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMO4P61968 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMO4P61968 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LMO4P61968 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LMO4P61968 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LMO4P61968 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LMO4P61968 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LMO4P61968 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMO4P61968 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMO4P61968 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LMO4P61968 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LMO4P61968 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LMO4P61968 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LMO4P61968 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LMO4P61968 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LMO4P61968 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LMO4P61968 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LMO4P61968 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LMO4P61968 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LMO4P61968 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LMO4P61968 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LMO4P61968 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LMO4P61968 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LMO4P61968 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LMO4P61968 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LMO4P61968 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
LMO4P61968 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LMO4P61968 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LMO4P61968 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LMO4P61968 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LMO4P61968 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LMO4P61968 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
LMO4P61968 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LMO4P61968 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LMO4P61968 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LMO4P61968 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LMO4P61968 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LMO4P61968 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LMO4P61968 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LMO4P61968 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LMO4P61968 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LMO4P61968 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LMO4P61968 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LMO4P61968 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LMO4P61968 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LMO4P61968 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LMO4P61968 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.5 ms