Protein–RNA interactions for Protein: P55290

CDH13, Cadherin-13, humanhuman

Predictions only

Length 713 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDH13P55290 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CDH13P55290 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CDH13P55290 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CDH13P55290 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CDH13P55290 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CDH13P55290 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CDH13P55290 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CDH13P55290 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CDH13P55290 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CDH13P55290 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CDH13P55290 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CDH13P55290 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CDH13P55290 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CDH13P55290 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.83
CDH13P55290 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CDH13P55290 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CDH13P55290 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CDH13P55290 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CDH13P55290 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CDH13P55290 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CDH13P55290 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CDH13P55290 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CDH13P55290 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CDH13P55290 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CDH13P55290 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CDH13P55290 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CDH13P55290 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CDH13P55290 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CDH13P55290 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CDH13P55290 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CDH13P55290 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CDH13P55290 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CDH13P55290 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CDH13P55290 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CDH13P55290 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CDH13P55290 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CDH13P55290 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
CDH13P55290 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CDH13P55290 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CDH13P55290 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CDH13P55290 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CDH13P55290 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CDH13P55290 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CDH13P55290 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CDH13P55290 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
CDH13P55290 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CDH13P55290 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CDH13P55290 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CDH13P55290 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CDH13P55290 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CDH13P55290 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CDH13P55290 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CDH13P55290 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CDH13P55290 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CDH13P55290 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CDH13P55290 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CDH13P55290 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CDH13P55290 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CDH13P55290 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CDH13P55290 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CDH13P55290 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CDH13P55290 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CDH13P55290 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CDH13P55290 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CDH13P55290 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CDH13P55290 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
CDH13P55290 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CDH13P55290 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CDH13P55290 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CDH13P55290 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CDH13P55290 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CDH13P55290 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CDH13P55290 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CDH13P55290 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CDH13P55290 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CDH13P55290 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CDH13P55290 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CDH13P55290 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CDH13P55290 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CDH13P55290 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
CDH13P55290 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CDH13P55290 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CDH13P55290 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CDH13P55290 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CDH13P55290 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CDH13P55290 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CDH13P55290 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CDH13P55290 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CDH13P55290 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CDH13P55290 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CDH13P55290 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CDH13P55290 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CDH13P55290 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CDH13P55290 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CDH13P55290 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CDH13P55290 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CDH13P55290 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CDH13P55290 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CDH13P55290 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CDH13P55290 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.5 ms