Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC31.5■■■□□ 2.63
SMARCA1P28370 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
SMARCA1P28370 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC31.5■■■□□ 2.63
SMARCA1P28370 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
SMARCA1P28370 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC31.48■■■□□ 2.63
SMARCA1P28370 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
SMARCA1P28370 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
SMARCA1P28370 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
SMARCA1P28370 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
SMARCA1P28370 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC31.46■■■□□ 2.63
SMARCA1P28370 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC31.46■■■□□ 2.63
SMARCA1P28370 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC31.46■■■□□ 2.63
SMARCA1P28370 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
SMARCA1P28370 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
SMARCA1P28370 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
SMARCA1P28370 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
SMARCA1P28370 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
SMARCA1P28370 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
SMARCA1P28370 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC31.38■■■□□ 2.61
SMARCA1P28370 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
SMARCA1P28370 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
SMARCA1P28370 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC31.36■■■□□ 2.61
SMARCA1P28370 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
SMARCA1P28370 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
SMARCA1P28370 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
SMARCA1P28370 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
SMARCA1P28370 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC31.33■■■□□ 2.61
SMARCA1P28370 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC31.33■■■□□ 2.61
SMARCA1P28370 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
SMARCA1P28370 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
SMARCA1P28370 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.31■■■□□ 2.6
SMARCA1P28370 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
SMARCA1P28370 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
SMARCA1P28370 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
SMARCA1P28370 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
SMARCA1P28370 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
SMARCA1P28370 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC31.28■■■□□ 2.6
SMARCA1P28370 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
SMARCA1P28370 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
SMARCA1P28370 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
SMARCA1P28370 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC31.25■■■□□ 2.59
SMARCA1P28370 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
SMARCA1P28370 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
SMARCA1P28370 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC31.21■■■□□ 2.59
SMARCA1P28370 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
SMARCA1P28370 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
SMARCA1P28370 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
SMARCA1P28370 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC31.19■■■□□ 2.58
SMARCA1P28370 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
SMARCA1P28370 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
SMARCA1P28370 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC31.16■■■□□ 2.58
SMARCA1P28370 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
SMARCA1P28370 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
SMARCA1P28370 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
SMARCA1P28370 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
SMARCA1P28370 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
SMARCA1P28370 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.57
SMARCA1P28370 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
SMARCA1P28370 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
SMARCA1P28370 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC31.13■■■□□ 2.57
SMARCA1P28370 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC31.13■■■□□ 2.57
SMARCA1P28370 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC31.12■■■□□ 2.57
SMARCA1P28370 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
SMARCA1P28370 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
SMARCA1P28370 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
SMARCA1P28370 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
SMARCA1P28370 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
SMARCA1P28370 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
SMARCA1P28370 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.57
SMARCA1P28370 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
SMARCA1P28370 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
SMARCA1P28370 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC31.06■■■□□ 2.56
SMARCA1P28370 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
SMARCA1P28370 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
SMARCA1P28370 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
SMARCA1P28370 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC31.04■■■□□ 2.56
SMARCA1P28370 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
SMARCA1P28370 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC31.03■■■□□ 2.56
SMARCA1P28370 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
SMARCA1P28370 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC31.02■■■□□ 2.56
SMARCA1P28370 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC31.01■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC31■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC30.96■■■□□ 2.55
SMARCA1P28370 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC30.96■■■□□ 2.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.1 ms