Protein–RNA interactions for Protein: P10276

RARA, Retinoic acid receptor alpha, humanhuman

Predictions only

Length 462 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RARAP10276 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
RARAP10276 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
RARAP10276 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
RARAP10276 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
RARAP10276 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
RARAP10276 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
RARAP10276 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
RARAP10276 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
RARAP10276 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
RARAP10276 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
RARAP10276 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
RARAP10276 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
RARAP10276 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
RARAP10276 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
RARAP10276 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
RARAP10276 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
RARAP10276 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
RARAP10276 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
RARAP10276 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
RARAP10276 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
RARAP10276 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
RARAP10276 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
RARAP10276 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
RARAP10276 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
RARAP10276 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
RARAP10276 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
RARAP10276 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
RARAP10276 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
RARAP10276 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
RARAP10276 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
RARAP10276 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
RARAP10276 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
RARAP10276 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
RARAP10276 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
RARAP10276 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
RARAP10276 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
RARAP10276 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
RARAP10276 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
RARAP10276 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
RARAP10276 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
RARAP10276 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
RARAP10276 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
RARAP10276 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
RARAP10276 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
RARAP10276 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
RARAP10276 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
RARAP10276 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
RARAP10276 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
RARAP10276 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
RARAP10276 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
RARAP10276 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
RARAP10276 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
RARAP10276 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
RARAP10276 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RARAP10276 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RARAP10276 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
RARAP10276 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
RARAP10276 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
RARAP10276 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
RARAP10276 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
RARAP10276 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
RARAP10276 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
RARAP10276 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
RARAP10276 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
RARAP10276 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
RARAP10276 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
RARAP10276 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
RARAP10276 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
RARAP10276 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
RARAP10276 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
RARAP10276 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
RARAP10276 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
RARAP10276 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC28.1■■■□□ 2.09
RARAP10276 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
RARAP10276 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
RARAP10276 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
RARAP10276 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RARAP10276 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RARAP10276 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RARAP10276 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
RARAP10276 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
RARAP10276 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
RARAP10276 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
RARAP10276 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
RARAP10276 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
RARAP10276 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
RARAP10276 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
RARAP10276 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
RARAP10276 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
RARAP10276 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RARAP10276 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RARAP10276 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
RARAP10276 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
RARAP10276 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
RARAP10276 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
RARAP10276 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
RARAP10276 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
RARAP10276 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC28■■■□□ 2.07
RARAP10276 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
RARAP10276 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms