Protein–RNA interactions for Protein: A0A0B4J244

TRAV3, T-cell receptor alpha variable 3 (gene/pseudogene) (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 114 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAV3A0A0B4J244 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRAV3A0A0B4J244 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRAV3A0A0B4J244 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRAV3A0A0B4J244 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRAV3A0A0B4J244 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRAV3A0A0B4J244 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRAV3A0A0B4J244 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRAV3A0A0B4J244 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRAV3A0A0B4J244 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
TRAV3A0A0B4J244 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRAV3A0A0B4J244 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRAV3A0A0B4J244 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRAV3A0A0B4J244 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRAV3A0A0B4J244 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRAV3A0A0B4J244 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRAV3A0A0B4J244 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRAV3A0A0B4J244 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRAV3A0A0B4J244 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRAV3A0A0B4J244 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRAV3A0A0B4J244 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRAV3A0A0B4J244 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
TRAV3A0A0B4J244 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TRAV3A0A0B4J244 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRAV3A0A0B4J244 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRAV3A0A0B4J244 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRAV3A0A0B4J244 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRAV3A0A0B4J244 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRAV3A0A0B4J244 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRAV3A0A0B4J244 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRAV3A0A0B4J244 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms