Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms