Protein–RNA interactions for Protein: Q96M19

LINC00477, Putative transmembrane protein encoded by LINC00477, humanhuman

Predictions only

Length 166 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00477Q96M19 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LINC00477Q96M19 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LINC00477Q96M19 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms