Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC35.66■■■■□ 3.3
CHMP4AQ9BY43 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.66■■■■□ 3.3
CHMP4AQ9BY43 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
CHMP4AQ9BY43 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC35.65■■■■□ 3.3
CHMP4AQ9BY43 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC35.65■■■■□ 3.3
CHMP4AQ9BY43 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CHMP4AQ9BY43 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CHMP4AQ9BY43 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CHMP4AQ9BY43 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CHMP4AQ9BY43 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CHMP4AQ9BY43 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
CHMP4AQ9BY43 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
CHMP4AQ9BY43 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.28
CHMP4AQ9BY43 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
CHMP4AQ9BY43 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
CHMP4AQ9BY43 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.55■■■■□ 3.28
CHMP4AQ9BY43 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC35.54■■■■□ 3.28
CHMP4AQ9BY43 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC35.54■■■■□ 3.28
CHMP4AQ9BY43 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC35.53■■■■□ 3.28
CHMP4AQ9BY43 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
CHMP4AQ9BY43 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.27
CHMP4AQ9BY43 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC35.49■■■■□ 3.27
CHMP4AQ9BY43 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC35.48■■■■□ 3.27
CHMP4AQ9BY43 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
CHMP4AQ9BY43 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC35.47■■■■□ 3.27
CHMP4AQ9BY43 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
CHMP4AQ9BY43 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
CHMP4AQ9BY43 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
CHMP4AQ9BY43 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC35.45■■■■□ 3.27
CHMP4AQ9BY43 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
CHMP4AQ9BY43 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
CHMP4AQ9BY43 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
CHMP4AQ9BY43 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
CHMP4AQ9BY43 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC35.43■■■■□ 3.26
CHMP4AQ9BY43 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
CHMP4AQ9BY43 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.4■■■■□ 3.26
CHMP4AQ9BY43 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC35.39■■■■□ 3.26
CHMP4AQ9BY43 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC35.39■■■■□ 3.26
CHMP4AQ9BY43 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
CHMP4AQ9BY43 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
CHMP4AQ9BY43 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
CHMP4AQ9BY43 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC35.36■■■■□ 3.25
CHMP4AQ9BY43 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
CHMP4AQ9BY43 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
CHMP4AQ9BY43 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC35.35■■■■□ 3.25
CHMP4AQ9BY43 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
CHMP4AQ9BY43 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.34■■■■□ 3.25
CHMP4AQ9BY43 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC35.34■■■■□ 3.25
CHMP4AQ9BY43 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
CHMP4AQ9BY43 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
CHMP4AQ9BY43 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
CHMP4AQ9BY43 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
CHMP4AQ9BY43 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC35.29■■■■□ 3.24
CHMP4AQ9BY43 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
CHMP4AQ9BY43 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
CHMP4AQ9BY43 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC35.26■■■■□ 3.24
CHMP4AQ9BY43 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
CHMP4AQ9BY43 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC35.26■■■■□ 3.23
CHMP4AQ9BY43 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
CHMP4AQ9BY43 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC35.25■■■■□ 3.23
CHMP4AQ9BY43 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC35.23■■■■□ 3.23
CHMP4AQ9BY43 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
CHMP4AQ9BY43 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC35.22■■■■□ 3.23
CHMP4AQ9BY43 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC35.22■■■■□ 3.23
CHMP4AQ9BY43 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
CHMP4AQ9BY43 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
CHMP4AQ9BY43 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
CHMP4AQ9BY43 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
CHMP4AQ9BY43 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC35.14■■■■□ 3.22
CHMP4AQ9BY43 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.14■■■■□ 3.22
CHMP4AQ9BY43 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
CHMP4AQ9BY43 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
CHMP4AQ9BY43 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC35.12■■■■□ 3.21
CHMP4AQ9BY43 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC35.12■■■■□ 3.21
CHMP4AQ9BY43 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC35.1■■■■□ 3.21
CHMP4AQ9BY43 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.09■■■■□ 3.21
CHMP4AQ9BY43 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
CHMP4AQ9BY43 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC35.08■■■■□ 3.21
CHMP4AQ9BY43 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.06■■■■□ 3.2
CHMP4AQ9BY43 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
CHMP4AQ9BY43 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
CHMP4AQ9BY43 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
CHMP4AQ9BY43 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
CHMP4AQ9BY43 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC35.03■■■■□ 3.2
CHMP4AQ9BY43 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
CHMP4AQ9BY43 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.2
CHMP4AQ9BY43 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
CHMP4AQ9BY43 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
CHMP4AQ9BY43 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC34.99■■■■□ 3.19
CHMP4AQ9BY43 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.96■■■■□ 3.19
CHMP4AQ9BY43 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
CHMP4AQ9BY43 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
CHMP4AQ9BY43 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
CHMP4AQ9BY43 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.95■■■■□ 3.19
CHMP4AQ9BY43 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC34.94■■■■□ 3.18
CHMP4AQ9BY43 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC34.93■■■■□ 3.18
CHMP4AQ9BY43 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
CHMP4AQ9BY43 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
CHMP4AQ9BY43 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
CHMP4AQ9BY43 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14 ms