Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 HYOU1-217ENST00000612687 4360 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.512e-11■■■■■ 83.5
UPF1Q92900 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.248e-18■■■■■ 82.8
UPF1Q92900 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.718e-18■■■■■ 82.8
UPF1Q92900 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.622e-13■■■■■ 82.6
UPF1Q92900 YKT6-202ENST00000421621 2463 ntTSL 1 (best)16.28■□□□□ 0.22e-13■■■■■ 82.6
UPF1Q92900 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.391e-13■■■■■ 82
UPF1Q92900 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.171e-13■■■■■ 82
UPF1Q92900 MAP2K7-203ENST00000397983 3396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.151e-13■■■■■ 82
UPF1Q92900 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.172e-38■■■■■ 81.8
UPF1Q92900 SLC7A5-203ENST00000565644 3983 ntTSL 1 (best) BASIC11.38□□□□□ -0.592e-38■■■■■ 81.8
UPF1Q92900 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.589e-16■■■■■ 81.8
UPF1Q92900 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.891e-66■■■■■ 81.4
UPF1Q92900 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.61e-66■■■■■ 81.4
UPF1Q92900 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.451e-66■■■■■ 81.4
UPF1Q92900 ACTG1-216ENST00000615544 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.221e-66■■■■■ 81.4
UPF1Q92900 ACTG1-214ENST00000576544 1720 ntTSL 516.36■□□□□ 0.211e-66■■■■■ 81.4
UPF1Q92900 ACTG1-212ENST00000576209 1698 ntTSL 1 (best)15.75■□□□□ 0.111e-66■■■■■ 81.4
UPF1Q92900 ACTG1-206ENST00000573283 2002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.031e-66■■■■■ 81.4
UPF1Q92900 ACTG1-215ENST00000576917 1958 ntTSL 514.45□□□□□ -0.11e-66■■■■■ 81.4
UPF1Q92900 ACTG1-207ENST00000574671 1678 ntTSL 1 (best)14.21□□□□□ -0.131e-66■■■■■ 81.4
UPF1Q92900 TMBIM1-209ENST00000437694 992 ntTSL 214.83□□□□□ -0.041e-41■■■■■ 81.3
UPF1Q92900 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.397e-18■■■■■ 81.3
UPF1Q92900 PSPH-211ENST00000459834 692 ntTSL 315.97■□□□□ 0.157e-23■■■■■ 81
UPF1Q92900 AL049839.2-201ENST00000553947 3067 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.41□□□□□ -0.93e-10■■■■■ 80.4
UPF1Q92900 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.432e-14■■■■■ 80.1
UPF1Q92900 AC068580.4-202ENST00000636579 350 ntTSL 321.8■■□□□ 1.089e-43■■■■■ 80
UPF1Q92900 PHF21A-202ENST00000418153 2730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.451e-19■■■■■ 79.8
UPF1Q92900 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.391e-69■■■■■ 79.6
UPF1Q92900 MCRIP1-209ENST00000575090 752 ntTSL 332.18■■■□□ 2.743e-12■■■■■ 79.5
UPF1Q92900 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.023e-12■■■■■ 79.5
UPF1Q92900 TMEM222-207ENST00000478104 986 ntTSL 322.36■■□□□ 1.171e-15■■■■■ 79.5
UPF1Q92900 KHSRP-202ENST00000594496 999 ntTSL 227.71■■■□□ 2.039e-56■■■■■ 79.4
UPF1Q92900 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.822e-22■■■■■ 79.1
UPF1Q92900 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.662e-22■■■■■ 79.1
UPF1Q92900 SLC1A5-201ENST00000412532 1750 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.542e-22■■■■■ 79.1
UPF1Q92900 SLC1A5-202ENST00000434726 1872 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.432e-22■■■■■ 79.1
UPF1Q92900 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.721e-10■■■■■ 79.1
UPF1Q92900 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.875e-26■■■■■ 79
UPF1Q92900 TMEM9-204ENST00000367334 1529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.795e-26■■■■■ 79
UPF1Q92900 TMEM9-202ENST00000367332 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.625e-26■■■■■ 79
UPF1Q92900 TMEM9-203ENST00000367333 1564 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.625e-26■■■■■ 79
UPF1Q92900 TMEM9-208ENST00000472411 2892 ntTSL 210.26□□□□□ -0.775e-26■■■■■ 79
UPF1Q92900 INHBE-203ENST00000551553 1228 ntTSL 1 (best)23.41■■□□□ 1.343e-10■■■■■ 79
UPF1Q92900 INHBE-201ENST00000266646 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.413e-10■■■■■ 79
UPF1Q92900 OGDH-210ENST00000631326 4116 ntTSL 5 BASIC9.47□□□□□ -0.897e-11■■■■■ 79
UPF1Q92900 PTPA-226ENST00000455292 949 ntTSL 527.46■■□□□ 1.996e-19■■■■■ 78.5
UPF1Q92900 PTPA-209ENST00000414331 681 ntTSL 322.88■■□□□ 1.256e-19■■■■■ 78.5
UPF1Q92900 PTPA-222ENST00000445241 949 ntTSL 319.87■□□□□ 0.776e-19■■■■■ 78.5
UPF1Q92900 PTPA-224ENST00000453358 548 ntTSL 419.87■□□□□ 0.776e-19■■■■■ 78.5
UPF1Q92900 PTPA-211ENST00000417504 567 ntTSL 411.13□□□□□ -0.636e-19■■■■■ 78.5
UPF1Q92900 TMEM109-203ENST00000540280 724 ntTSL 318.86■□□□□ 0.617e-8■■■■■ 78.5
UPF1Q92900 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.311e-22■■■■■ 78.3
UPF1Q92900 KHSRP-208ENST00000597656 328 ntTSL 512.38□□□□□ -0.434e-35■■■■■ 78.3
UPF1Q92900 DHCR24-202ENST00000436604 863 ntTSL 315.07■□□□□ 02e-49■■■■■ 78
UPF1Q92900 MAGT1-205ENST00000618282 2788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC8.86□□□□□ -0.993e-12■■■■■ 77.8
UPF1Q92900 MAGT1-201ENST00000358075 4047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.113e-12■■■■■ 77.8
UPF1Q92900 MAGT1-204ENST00000610432 4019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC7.86□□□□□ -1.153e-12■■■■■ 77.8
UPF1Q92900 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.557e-8■■■■■ 77.4
UPF1Q92900 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.687e-8■■■■■ 77.4
UPF1Q92900 FAM213A-203ENST00000372187 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.537e-8■■■■■ 77.4
UPF1Q92900 FAM213A-201ENST00000372181 2058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.097e-8■■■■■ 77.4
UPF1Q92900 PHC2-206ENST00000467894 1466 ntTSL 531.49■■■□□ 2.633e-16■■■■■ 77.2
UPF1Q92900 KDM4A-201ENST00000372396 4474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.729e-11■■■■■ 77.1
UPF1Q92900 CX3CL1-204ENST00000565912 5796 ntTSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.252e-14■■■■■ 76.7
UPF1Q92900 CX3CL1-201ENST00000006053 3321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.72e-14■■■■■ 76.7
UPF1Q92900 CX3CL1-202ENST00000563383 3313 ntTSL 5 BASIC10.66□□□□□ -0.72e-14■■■■■ 76.7
UPF1Q92900 DIAPH1-208ENST00000476339 2606 ntTSL 214.06□□□□□ -0.161e-34■■■■■ 76.5
UPF1Q92900 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.612e-21■■■■■ 76.3
UPF1Q92900 PTBP1-204ENST00000394601 3185 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.122e-21■■■■■ 76.3
UPF1Q92900 PTBP1-201ENST00000349038 3155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.122e-21■■■■■ 76.3
UPF1Q92900 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.032e-21■■■■■ 76.3
UPF1Q92900 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 02e-21■■■■■ 76.3
UPF1Q92900 PTBP1-221ENST00000635647 3691 ntTSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.142e-21■■■■■ 76.3
UPF1Q92900 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.51■■■□□ 2.633e-35■■■■■ 76.2
UPF1Q92900 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.23e-35■■■■■ 76.2
UPF1Q92900 KHSRP-203ENST00000594745 379 ntTSL 321.55■■□□□ 1.043e-35■■■■■ 76.2
UPF1Q92900 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.972e-25■■■■■ 76.1
UPF1Q92900 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.542e-25■■■■■ 76.1
UPF1Q92900 SLC2A1-208ENST00000630287 2398 ntTSL 515.5■□□□□ 0.075e-24■■■■■ 76
UPF1Q92900 SLC2A1-203ENST00000426263 3667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.545e-24■■■■■ 76
UPF1Q92900 TGM2-205ENST00000469269 3467 ntTSL 211.79□□□□□ -0.521e-13■■■■■ 75.9
UPF1Q92900 FAM168A-201ENST00000064778 7296 ntTSL 1 (best) BASIC8.27□□□□□ -1.091e-9■■■■■ 75.8
UPF1Q92900 CRACR2A-202ENST00000333750 3207 ntTSL 29.15□□□□□ -0.946e-8■■■■■ 75.8
UPF1Q92900 NR5A1-201ENST00000373587 768 ntTSL 323.11■■□□□ 1.293e-21■■■■■ 75.5
UPF1Q92900 ALDH6A1-205ENST00000554501 2221 ntTSL 1 (best)21.91■■□□□ 1.13e-42■■■■■ 75.3
UPF1Q92900 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.559e-22■■■■■ 75.2
UPF1Q92900 DHCR24-201ENST00000371269 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.137e-29■■■■■ 75
UPF1Q92900 DHCR24-203ENST00000535035 4153 ntTSL 1 (best) BASIC10.33□□□□□ -0.767e-29■■■■■ 75
UPF1Q92900 DDX19A-215ENST00000575878 1533 ntTSL 219.7■□□□□ 0.742e-8■■■■■ 75
UPF1Q92900 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.542e-8■■■■■ 75
UPF1Q92900 GALNT2-202ENST00000485438 4030 ntTSL 510.72□□□□□ -0.696e-14■■■■■ 74.6
UPF1Q92900 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.24■■■□□ 2.758e-12■■■■■ 74.4
UPF1Q92900 SSR2-207ENST00000473699 1027 ntTSL 321.34■■□□□ 1.013e-13■■■■■ 74.4
UPF1Q92900 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.651e-17■■■■■ 74.4
UPF1Q92900 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.331e-17■■■■■ 74.4
UPF1Q92900 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.331e-17■■■■■ 74.4
UPF1Q92900 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.331e-17■■■■■ 74.4
UPF1Q92900 DIAPH1-205ENST00000448451 2102 ntTSL 214.44□□□□□ -0.11e-17■■■■■ 74.4
UPF1Q92900 GPR107-208ENST00000610997 2813 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.112e-9■■■■■ 74.3
UPF1Q92900 SUN2-201ENST00000405018 4022 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.181e-23■■■■■ 74
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