Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PDLIM3Q53GG5 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PDLIM3Q53GG5 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
PDLIM3Q53GG5 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
PDLIM3Q53GG5 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PDLIM3Q53GG5 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PDLIM3Q53GG5 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PDLIM3Q53GG5 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PDLIM3Q53GG5 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PDLIM3Q53GG5 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PDLIM3Q53GG5 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PDLIM3Q53GG5 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PDLIM3Q53GG5 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PDLIM3Q53GG5 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PDLIM3Q53GG5 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PDLIM3Q53GG5 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PDLIM3Q53GG5 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PDLIM3Q53GG5 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PDLIM3Q53GG5 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PDLIM3Q53GG5 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PDLIM3Q53GG5 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
PDLIM3Q53GG5 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PDLIM3Q53GG5 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PDLIM3Q53GG5 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
PDLIM3Q53GG5 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PDLIM3Q53GG5 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PDLIM3Q53GG5 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PDLIM3Q53GG5 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PDLIM3Q53GG5 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PDLIM3Q53GG5 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PDLIM3Q53GG5 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PDLIM3Q53GG5 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PDLIM3Q53GG5 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PDLIM3Q53GG5 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
PDLIM3Q53GG5 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
PDLIM3Q53GG5 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PDLIM3Q53GG5 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
PDLIM3Q53GG5 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PDLIM3Q53GG5 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PDLIM3Q53GG5 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PDLIM3Q53GG5 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
PDLIM3Q53GG5 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
PDLIM3Q53GG5 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PDLIM3Q53GG5 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PDLIM3Q53GG5 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PDLIM3Q53GG5 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PDLIM3Q53GG5 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PDLIM3Q53GG5 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PDLIM3Q53GG5 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PDLIM3Q53GG5 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PDLIM3Q53GG5 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PDLIM3Q53GG5 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PDLIM3Q53GG5 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
PDLIM3Q53GG5 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PDLIM3Q53GG5 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PDLIM3Q53GG5 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
PDLIM3Q53GG5 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
PDLIM3Q53GG5 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PDLIM3Q53GG5 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
PDLIM3Q53GG5 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PDLIM3Q53GG5 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PDLIM3Q53GG5 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PDLIM3Q53GG5 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PDLIM3Q53GG5 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PDLIM3Q53GG5 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PDLIM3Q53GG5 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PDLIM3Q53GG5 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PDLIM3Q53GG5 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PDLIM3Q53GG5 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PDLIM3Q53GG5 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PDLIM3Q53GG5 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms