Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC42.84■■■■■ 4.45
TCOF1Q13428 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC42.84■■■■■ 4.45
TCOF1Q13428 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC42.83■■■■■ 4.45
TCOF1Q13428 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC42.83■■■■■ 4.45
TCOF1Q13428 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC42.79■■■■■ 4.44
TCOF1Q13428 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC42.79■■■■■ 4.44
TCOF1Q13428 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.78■■■■■ 4.44
TCOF1Q13428 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC42.77■■■■■ 4.44
TCOF1Q13428 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.73■■■■■ 4.43
TCOF1Q13428 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC42.72■■■■■ 4.43
TCOF1Q13428 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC42.72■■■■■ 4.43
TCOF1Q13428 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.7■■■■■ 4.43
TCOF1Q13428 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC42.63■■■■■ 4.42
TCOF1Q13428 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.61■■■■■ 4.41
TCOF1Q13428 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC42.59■■■■■ 4.41
TCOF1Q13428 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC42.59■■■■■ 4.41
TCOF1Q13428 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.57■■■■■ 4.41
TCOF1Q13428 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC42.57■■■■■ 4.41
TCOF1Q13428 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC42.56■■■■■ 4.4
TCOF1Q13428 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42.55■■■■■ 4.4
TCOF1Q13428 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.51■■■■■ 4.4
TCOF1Q13428 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.51■■■■■ 4.4
TCOF1Q13428 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.5■■■■■ 4.39
TCOF1Q13428 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC42.48■■■■■ 4.39
TCOF1Q13428 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.48■■■■■ 4.39
TCOF1Q13428 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.48■■■■■ 4.39
TCOF1Q13428 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.47■■■■■ 4.39
TCOF1Q13428 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.47■■■■■ 4.39
TCOF1Q13428 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.45■■■■■ 4.39
TCOF1Q13428 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.44■■■■■ 4.38
TCOF1Q13428 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC42.43■■■■■ 4.38
TCOF1Q13428 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC42.41■■■■■ 4.38
TCOF1Q13428 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC42.4■■■■■ 4.38
TCOF1Q13428 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC42.39■■■■■ 4.38
TCOF1Q13428 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.37■■■■■ 4.37
TCOF1Q13428 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC42.35■■■■■ 4.37
TCOF1Q13428 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC42.33■■■■■ 4.37
TCOF1Q13428 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC42.33■■■■■ 4.37
TCOF1Q13428 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC42.33■■■■■ 4.37
TCOF1Q13428 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC42.3■■■■■ 4.36
TCOF1Q13428 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC42.3■■■■■ 4.36
TCOF1Q13428 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC42.24■■■■■ 4.35
TCOF1Q13428 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.23■■■■■ 4.35
TCOF1Q13428 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC42.2■■■■■ 4.35
TCOF1Q13428 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC42.18■■■■■ 4.34
TCOF1Q13428 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC42.18■■■■■ 4.34
TCOF1Q13428 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.18■■■■■ 4.34
TCOF1Q13428 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.18■■■■■ 4.34
TCOF1Q13428 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.17■■■■■ 4.34
TCOF1Q13428 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.16■■■■■ 4.34
TCOF1Q13428 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC42.15■■■■■ 4.34
TCOF1Q13428 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.13■■■■■ 4.33
TCOF1Q13428 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC42.12■■■■■ 4.33
TCOF1Q13428 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC42.11■■■■■ 4.33
TCOF1Q13428 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC42.1■■■■■ 4.33
TCOF1Q13428 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC42.09■■■■■ 4.33
TCOF1Q13428 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC42.06■■■■■ 4.32
TCOF1Q13428 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC42.06■■■■■ 4.32
TCOF1Q13428 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC42.06■■■■■ 4.32
TCOF1Q13428 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC42.05■■■■■ 4.32
TCOF1Q13428 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.04■■■■■ 4.32
TCOF1Q13428 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.01■■■■■ 4.32
TCOF1Q13428 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC42.01■■■■■ 4.32
TCOF1Q13428 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC41.99■■■■■ 4.31
TCOF1Q13428 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC41.98■■■■■ 4.31
TCOF1Q13428 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.97■■■■■ 4.31
TCOF1Q13428 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.96■■■■■ 4.31
TCOF1Q13428 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC41.94■■■■■ 4.3
TCOF1Q13428 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.93■■■■■ 4.3
TCOF1Q13428 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.93■■■■■ 4.3
TCOF1Q13428 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC41.91■■■■■ 4.3
TCOF1Q13428 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.9■■■■■ 4.3
TCOF1Q13428 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.9■■■■■ 4.3
TCOF1Q13428 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC41.89■■■■■ 4.3
TCOF1Q13428 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC41.88■■■■■ 4.29
TCOF1Q13428 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC41.86■■■■■ 4.29
TCOF1Q13428 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC41.85■■■■■ 4.29
TCOF1Q13428 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.82■■■■■ 4.29
TCOF1Q13428 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.81■■■■■ 4.28
TCOF1Q13428 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC41.81■■■■■ 4.28
TCOF1Q13428 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC41.81■■■■■ 4.28
TCOF1Q13428 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC41.8■■■■■ 4.28
TCOF1Q13428 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC41.8■■■■■ 4.28
TCOF1Q13428 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC41.79■■■■■ 4.28
TCOF1Q13428 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC41.79■■■■■ 4.28
TCOF1Q13428 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC41.78■■■■■ 4.28
TCOF1Q13428 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.77■■■■■ 4.28
TCOF1Q13428 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC41.77■■■■■ 4.28
TCOF1Q13428 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.76■■■■■ 4.28
TCOF1Q13428 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.75■■■■■ 4.27
TCOF1Q13428 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC41.74■■■■■ 4.27
TCOF1Q13428 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC41.74■■■■■ 4.27
TCOF1Q13428 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC41.74■■■■■ 4.27
TCOF1Q13428 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC41.73■■■■■ 4.27
TCOF1Q13428 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC41.73■■■■■ 4.27
TCOF1Q13428 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC41.73■■■■■ 4.27
TCOF1Q13428 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.72■■■■■ 4.27
TCOF1Q13428 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.71■■■■■ 4.27
TCOF1Q13428 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC41.71■■■■■ 4.27
TCOF1Q13428 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.71■■■■■ 4.27
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