Protein–RNA interactions for Protein: P40938

RFC3, Replication factor C subunit 3, humanhuman

Predictions only

Length 356 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFC3P40938 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
RFC3P40938 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
RFC3P40938 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
RFC3P40938 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
RFC3P40938 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
RFC3P40938 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
RFC3P40938 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
RFC3P40938 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RFC3P40938 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
RFC3P40938 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
RFC3P40938 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RFC3P40938 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RFC3P40938 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RFC3P40938 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RFC3P40938 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RFC3P40938 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RFC3P40938 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
RFC3P40938 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RFC3P40938 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RFC3P40938 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
RFC3P40938 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
RFC3P40938 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
RFC3P40938 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
RFC3P40938 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
RFC3P40938 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
RFC3P40938 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
RFC3P40938 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
RFC3P40938 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
RFC3P40938 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
RFC3P40938 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RFC3P40938 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RFC3P40938 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
RFC3P40938 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RFC3P40938 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
RFC3P40938 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
RFC3P40938 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
RFC3P40938 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
RFC3P40938 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RFC3P40938 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RFC3P40938 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RFC3P40938 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RFC3P40938 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
RFC3P40938 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
RFC3P40938 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
RFC3P40938 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RFC3P40938 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
RFC3P40938 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
RFC3P40938 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
RFC3P40938 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RFC3P40938 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
RFC3P40938 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
RFC3P40938 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
RFC3P40938 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
RFC3P40938 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
RFC3P40938 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
RFC3P40938 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
RFC3P40938 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
RFC3P40938 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
RFC3P40938 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
RFC3P40938 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
RFC3P40938 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
RFC3P40938 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
RFC3P40938 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
RFC3P40938 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
RFC3P40938 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
RFC3P40938 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
RFC3P40938 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
RFC3P40938 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
RFC3P40938 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
RFC3P40938 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25■■□□□ 1.59
RFC3P40938 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
RFC3P40938 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
RFC3P40938 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
RFC3P40938 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
RFC3P40938 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
RFC3P40938 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
RFC3P40938 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
RFC3P40938 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
RFC3P40938 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
RFC3P40938 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
RFC3P40938 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
RFC3P40938 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
RFC3P40938 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
RFC3P40938 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
RFC3P40938 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
RFC3P40938 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
RFC3P40938 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
RFC3P40938 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
RFC3P40938 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
RFC3P40938 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
RFC3P40938 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
RFC3P40938 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
RFC3P40938 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
RFC3P40938 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
RFC3P40938 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
RFC3P40938 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
RFC3P40938 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
RFC3P40938 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
RFC3P40938 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
RFC3P40938 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.5 ms