Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
PTPN4P29074 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
PTPN4P29074 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
PTPN4P29074 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
PTPN4P29074 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
PTPN4P29074 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
PTPN4P29074 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
PTPN4P29074 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
PTPN4P29074 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
PTPN4P29074 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
PTPN4P29074 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
PTPN4P29074 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
PTPN4P29074 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
PTPN4P29074 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
PTPN4P29074 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
PTPN4P29074 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
PTPN4P29074 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
PTPN4P29074 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
PTPN4P29074 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
PTPN4P29074 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
PTPN4P29074 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
PTPN4P29074 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
PTPN4P29074 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
PTPN4P29074 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
PTPN4P29074 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
PTPN4P29074 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
PTPN4P29074 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
PTPN4P29074 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
PTPN4P29074 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
PTPN4P29074 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
PTPN4P29074 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
PTPN4P29074 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
PTPN4P29074 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
PTPN4P29074 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
PTPN4P29074 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
PTPN4P29074 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
PTPN4P29074 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
PTPN4P29074 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
PTPN4P29074 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
PTPN4P29074 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
PTPN4P29074 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
PTPN4P29074 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
PTPN4P29074 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
PTPN4P29074 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
PTPN4P29074 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
PTPN4P29074 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
PTPN4P29074 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
PTPN4P29074 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
PTPN4P29074 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
PTPN4P29074 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
PTPN4P29074 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC27.34■■□□□ 1.97
PTPN4P29074 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
PTPN4P29074 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
PTPN4P29074 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
PTPN4P29074 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
PTPN4P29074 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
PTPN4P29074 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
PTPN4P29074 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
PTPN4P29074 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
PTPN4P29074 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC27.27■■□□□ 1.96
PTPN4P29074 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
PTPN4P29074 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
PTPN4P29074 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
PTPN4P29074 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
PTPN4P29074 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
PTPN4P29074 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC27.22■■□□□ 1.95
PTPN4P29074 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
PTPN4P29074 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
PTPN4P29074 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
PTPN4P29074 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
PTPN4P29074 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
PTPN4P29074 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
PTPN4P29074 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
PTPN4P29074 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
PTPN4P29074 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
PTPN4P29074 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
PTPN4P29074 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
PTPN4P29074 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
PTPN4P29074 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
PTPN4P29074 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
PTPN4P29074 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
PTPN4P29074 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PTPN4P29074 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
PTPN4P29074 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
PTPN4P29074 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
PTPN4P29074 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms