Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC33.29■■■□□ 2.92
PTPN4P29074 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC32.71■■■□□ 2.83
PTPN4P29074 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC32.45■■■□□ 2.78
PTPN4P29074 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
PTPN4P29074 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC32.21■■■□□ 2.75
PTPN4P29074 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
PTPN4P29074 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
PTPN4P29074 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
PTPN4P29074 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC31.86■■■□□ 2.69
PTPN4P29074 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
PTPN4P29074 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
PTPN4P29074 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
PTPN4P29074 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC31.44■■■□□ 2.62
PTPN4P29074 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC31.43■■■□□ 2.62
PTPN4P29074 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
PTPN4P29074 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.36■■■□□ 2.61
PTPN4P29074 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC31.32■■■□□ 2.6
PTPN4P29074 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
PTPN4P29074 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
PTPN4P29074 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
PTPN4P29074 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC31.12■■■□□ 2.57
PTPN4P29074 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
PTPN4P29074 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC30.85■■■□□ 2.53
PTPN4P29074 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.84■■■□□ 2.53
PTPN4P29074 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.48
PTPN4P29074 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
PTPN4P29074 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC30.4■■■□□ 2.46
PTPN4P29074 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
PTPN4P29074 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
PTPN4P29074 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
PTPN4P29074 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC30.31■■■□□ 2.44
PTPN4P29074 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
PTPN4P29074 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
PTPN4P29074 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
PTPN4P29074 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
PTPN4P29074 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
PTPN4P29074 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
PTPN4P29074 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
PTPN4P29074 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
PTPN4P29074 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
PTPN4P29074 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
PTPN4P29074 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
PTPN4P29074 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
PTPN4P29074 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
PTPN4P29074 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
PTPN4P29074 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
PTPN4P29074 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
PTPN4P29074 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
PTPN4P29074 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
PTPN4P29074 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
PTPN4P29074 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
PTPN4P29074 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
PTPN4P29074 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
PTPN4P29074 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
PTPN4P29074 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
PTPN4P29074 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
PTPN4P29074 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
PTPN4P29074 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
PTPN4P29074 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
PTPN4P29074 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
PTPN4P29074 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
PTPN4P29074 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
PTPN4P29074 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
PTPN4P29074 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC29.35■■■□□ 2.29
PTPN4P29074 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
PTPN4P29074 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
PTPN4P29074 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
PTPN4P29074 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
PTPN4P29074 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
PTPN4P29074 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
PTPN4P29074 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
PTPN4P29074 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
PTPN4P29074 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
PTPN4P29074 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
PTPN4P29074 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
PTPN4P29074 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
PTPN4P29074 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
PTPN4P29074 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
PTPN4P29074 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
PTPN4P29074 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
PTPN4P29074 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
PTPN4P29074 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
PTPN4P29074 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
PTPN4P29074 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
PTPN4P29074 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
PTPN4P29074 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
PTPN4P29074 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
PTPN4P29074 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
PTPN4P29074 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
PTPN4P29074 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
PTPN4P29074 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
PTPN4P29074 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
PTPN4P29074 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
PTPN4P29074 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
PTPN4P29074 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
PTPN4P29074 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.2
PTPN4P29074 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
PTPN4P29074 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
PTPN4P29074 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
PTPN4P29074 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 187.7 ms