Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
MSX1P28360 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
MSX1P28360 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
MSX1P28360 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
MSX1P28360 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
MSX1P28360 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
MSX1P28360 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
MSX1P28360 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
MSX1P28360 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
MSX1P28360 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
MSX1P28360 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
MSX1P28360 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
MSX1P28360 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
MSX1P28360 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
MSX1P28360 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
MSX1P28360 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
MSX1P28360 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
MSX1P28360 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
MSX1P28360 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
MSX1P28360 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
MSX1P28360 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
MSX1P28360 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
MSX1P28360 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
MSX1P28360 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MSX1P28360 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MSX1P28360 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
MSX1P28360 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
MSX1P28360 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
MSX1P28360 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSX1P28360 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSX1P28360 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
MSX1P28360 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
MSX1P28360 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
MSX1P28360 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSX1P28360 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSX1P28360 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
MSX1P28360 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSX1P28360 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSX1P28360 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSX1P28360 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
MSX1P28360 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
MSX1P28360 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
MSX1P28360 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSX1P28360 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSX1P28360 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSX1P28360 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSX1P28360 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSX1P28360 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSX1P28360 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSX1P28360 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
MSX1P28360 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
MSX1P28360 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
MSX1P28360 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
MSX1P28360 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
MSX1P28360 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
MSX1P28360 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
MSX1P28360 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
MSX1P28360 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
MSX1P28360 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
MSX1P28360 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
MSX1P28360 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
MSX1P28360 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
MSX1P28360 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
MSX1P28360 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
MSX1P28360 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
MSX1P28360 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
MSX1P28360 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
MSX1P28360 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
MSX1P28360 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSX1P28360 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSX1P28360 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
MSX1P28360 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSX1P28360 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
MSX1P28360 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
MSX1P28360 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSX1P28360 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSX1P28360 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
MSX1P28360 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
MSX1P28360 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
MSX1P28360 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
MSX1P28360 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
MSX1P28360 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
MSX1P28360 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
MSX1P28360 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
MSX1P28360 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSX1P28360 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSX1P28360 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
MSX1P28360 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
MSX1P28360 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
MSX1P28360 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
MSX1P28360 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
MSX1P28360 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
MSX1P28360 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
MSX1P28360 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.57
MSX1P28360 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSX1P28360 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
MSX1P28360 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
MSX1P28360 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
MSX1P28360 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
MSX1P28360 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms