Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC37.4■■■■□ 3.58
COL3A1P02461 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC37.38■■■■□ 3.57
COL3A1P02461 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
COL3A1P02461 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.35■■■■□ 3.57
COL3A1P02461 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
COL3A1P02461 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
COL3A1P02461 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
COL3A1P02461 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.56
COL3A1P02461 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
COL3A1P02461 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
COL3A1P02461 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.3■■■■□ 3.56
COL3A1P02461 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
COL3A1P02461 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
COL3A1P02461 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC37.26■■■■□ 3.55
COL3A1P02461 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC37.25■■■■□ 3.55
COL3A1P02461 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
COL3A1P02461 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
COL3A1P02461 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
COL3A1P02461 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC37.2■■■■□ 3.54
COL3A1P02461 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC37.19■■■■□ 3.54
COL3A1P02461 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
COL3A1P02461 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC37.18■■■■□ 3.54
COL3A1P02461 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC37.18■■■■□ 3.54
COL3A1P02461 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC37.17■■■■□ 3.54
COL3A1P02461 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC37.15■■■■□ 3.54
COL3A1P02461 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC37.15■■■■□ 3.54
COL3A1P02461 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
COL3A1P02461 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC37.11■■■■□ 3.53
COL3A1P02461 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC37.11■■■■□ 3.53
COL3A1P02461 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
COL3A1P02461 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
COL3A1P02461 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
COL3A1P02461 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.03■■■■□ 3.52
COL3A1P02461 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
COL3A1P02461 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC37.01■■■■□ 3.51
COL3A1P02461 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
COL3A1P02461 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
COL3A1P02461 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC36.99■■■■□ 3.51
COL3A1P02461 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
COL3A1P02461 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
COL3A1P02461 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
COL3A1P02461 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC36.92■■■■□ 3.5
COL3A1P02461 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC36.91■■■■□ 3.5
COL3A1P02461 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
COL3A1P02461 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC36.91■■■■□ 3.5
COL3A1P02461 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC36.9■■■■□ 3.5
COL3A1P02461 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC36.89■■■■□ 3.5
COL3A1P02461 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
COL3A1P02461 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
COL3A1P02461 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.88■■■■□ 3.5
COL3A1P02461 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC36.88■■■■□ 3.49
COL3A1P02461 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC36.88■■■■□ 3.49
COL3A1P02461 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.87■■■■□ 3.49
COL3A1P02461 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC36.87■■■■□ 3.49
COL3A1P02461 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.87■■■■□ 3.49
COL3A1P02461 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
COL3A1P02461 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.85■■■■□ 3.49
COL3A1P02461 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
COL3A1P02461 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC36.84■■■■□ 3.49
COL3A1P02461 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
COL3A1P02461 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
COL3A1P02461 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
COL3A1P02461 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
COL3A1P02461 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.81■■■■□ 3.48
COL3A1P02461 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
COL3A1P02461 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
COL3A1P02461 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC36.8■■■■□ 3.48
COL3A1P02461 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
COL3A1P02461 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.79■■■■□ 3.48
COL3A1P02461 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.79■■■■□ 3.48
COL3A1P02461 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
COL3A1P02461 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
COL3A1P02461 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
COL3A1P02461 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
COL3A1P02461 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC36.75■■■■□ 3.47
COL3A1P02461 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
COL3A1P02461 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC36.7■■■■□ 3.47
COL3A1P02461 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
COL3A1P02461 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC36.68■■■■□ 3.46
COL3A1P02461 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.65■■■■□ 3.46
COL3A1P02461 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC36.65■■■■□ 3.46
COL3A1P02461 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
COL3A1P02461 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC36.62■■■■□ 3.45
COL3A1P02461 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
COL3A1P02461 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
COL3A1P02461 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC36.62■■■■□ 3.45
COL3A1P02461 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC36.62■■■■□ 3.45
COL3A1P02461 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
COL3A1P02461 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC36.6■■■■□ 3.45
COL3A1P02461 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
COL3A1P02461 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
COL3A1P02461 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
COL3A1P02461 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.45
COL3A1P02461 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
COL3A1P02461 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
COL3A1P02461 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
COL3A1P02461 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
COL3A1P02461 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
COL3A1P02461 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
COL3A1P02461 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC36.51■■■■□ 3.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms