Protein–RNA interactions for Protein: P01130

LDLR, Low-density lipoprotein receptor, humanhuman

Predictions only

Length 860 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDLRP01130 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LDLRP01130 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LDLRP01130 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
LDLRP01130 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LDLRP01130 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LDLRP01130 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LDLRP01130 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LDLRP01130 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LDLRP01130 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
LDLRP01130 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LDLRP01130 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LDLRP01130 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
LDLRP01130 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
LDLRP01130 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LDLRP01130 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LDLRP01130 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
LDLRP01130 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LDLRP01130 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
LDLRP01130 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
LDLRP01130 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LDLRP01130 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
LDLRP01130 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LDLRP01130 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LDLRP01130 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LDLRP01130 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
LDLRP01130 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
LDLRP01130 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LDLRP01130 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
LDLRP01130 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
LDLRP01130 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LDLRP01130 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LDLRP01130 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LDLRP01130 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LDLRP01130 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
LDLRP01130 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LDLRP01130 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LDLRP01130 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
LDLRP01130 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
LDLRP01130 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LDLRP01130 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LDLRP01130 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LDLRP01130 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
LDLRP01130 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
LDLRP01130 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
LDLRP01130 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LDLRP01130 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
LDLRP01130 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LDLRP01130 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LDLRP01130 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LDLRP01130 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LDLRP01130 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LDLRP01130 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LDLRP01130 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LDLRP01130 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
LDLRP01130 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.26■■□□□ 1.79
LDLRP01130 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
LDLRP01130 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LDLRP01130 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LDLRP01130 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LDLRP01130 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LDLRP01130 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LDLRP01130 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LDLRP01130 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LDLRP01130 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LDLRP01130 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LDLRP01130 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LDLRP01130 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LDLRP01130 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LDLRP01130 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LDLRP01130 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LDLRP01130 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LDLRP01130 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LDLRP01130 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LDLRP01130 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LDLRP01130 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LDLRP01130 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LDLRP01130 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
LDLRP01130 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LDLRP01130 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LDLRP01130 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LDLRP01130 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LDLRP01130 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LDLRP01130 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LDLRP01130 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LDLRP01130 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LDLRP01130 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LDLRP01130 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LDLRP01130 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LDLRP01130 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LDLRP01130 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LDLRP01130 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
LDLRP01130 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LDLRP01130 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
LDLRP01130 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.01■■□□□ 1.75
LDLRP01130 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26■■□□□ 1.75
LDLRP01130 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LDLRP01130 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
LDLRP01130 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LDLRP01130 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LDLRP01130 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms