Protein–RNA interactions for Protein: O60508

CDC40, Pre-mRNA-processing factor 17, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 579 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDC40O60508 ATAD3B-203ENST00000472194 4314 ntTSL 1 (best)11.36□□□□□ -0.591e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 G2E3-202ENST00000438909 2334 ntTSL 2 BASIC11.29□□□□□ -0.61e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 BICRAL-203ENST00000614467 6510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.611e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 FBXO11-209ENST00000492225 2216 ntTSL 1 (best)11.21□□□□□ -0.621e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 HSPA8-203ENST00000524552 963 ntTSL 1 (best)11.15□□□□□ -0.622e-8■■□□□ 13.2
CDC40O60508 G2E3-210ENST00000552488 786 ntTSL 311.07□□□□□ -0.641e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 DYNC1LI2-208ENST00000564833 727 ntTSL 410.99□□□□□ -0.651e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 HSPA8-201ENST00000227378 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.97□□□□□ -0.652e-8■■□□□ 13.2
CDC40O60508 HSPA8-207ENST00000526110 1924 ntTSL 5 BASIC10.82□□□□□ -0.682e-8■■□□□ 13.2
CDC40O60508 DYNC1LI2-209ENST00000565532 744 ntTSL 510.61□□□□□ -0.711e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 HSPA8-215ENST00000532091 2301 ntTSL 510.13□□□□□ -0.792e-8■■□□□ 13.2
CDC40O60508 HSPA8-218ENST00000532636 2306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.78□□□□□ -0.842e-8■■□□□ 13.2
CDC40O60508 ATAD3B-202ENST00000378736 414 ntTSL 59.4□□□□□ -0.91e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 FBXO11-202ENST00000403359 4055 ntTSL 1 (best) BASIC7.85□□□□□ -1.151e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 DYNC1LI2-211ENST00000567499 3994 ntTSL 26.67□□□□□ -1.341e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 BICRAL-201ENST00000314073 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.61□□□□□ -1.511e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 G2E3-201ENST00000206595 5804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.47□□□□□ -1.691e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 G2E3-203ENST00000544007 1003 ntTSL 23.88□□□□□ -1.791e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 HSPA8-208ENST00000526686 740 ntTSL 1 (best)2.64□□□□□ -1.992e-8■■□□□ 13.2
CDC40O60508 G2E3-204ENST00000547532 623 ntTSL 32.47□□□□□ -2.011e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 G2E3-214ENST00000555429 411 ntTSL 51.35□□□□□ -2.191e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 G2E3-213ENST00000554714 537 ntTSL 40.94□□□□□ -2.261e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 G2E3-209ENST00000550944 565 ntTSL 20.79□□□□□ -2.281e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 HNRNPM-207ENST00000597081 1004 ntTSL 519.16■□□□□ 0.664e-8■■□□□ 13.2
CDC40O60508 HNRNPM-208ENST00000597270 1147 ntTSL 218.92■□□□□ 0.624e-8■■□□□ 13.2
CDC40O60508 HNRNPM-211ENST00000598603 784 ntTSL 216.58■□□□□ 0.244e-8■■□□□ 13.2
CDC40O60508 SOGA1-201ENST00000237536 14371 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.351e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 SOGA1-202ENST00000279034 3703 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.14□□□□□ -0.791e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PLEC-208ENST00000436759 14787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.426e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PLEC-202ENST00000345136 14803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.37□□□□□ -0.436e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PLEC-201ENST00000322810 15249 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.566e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PLEC-204ENST00000354958 14751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.616e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PLEC-206ENST00000357649 14689 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.636e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PLEC-203ENST00000354589 14736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.1□□□□□ -0.636e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PLEC-205ENST00000356346 14683 ntTSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.656e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PLEC-207ENST00000398774 14646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.71□□□□□ -0.696e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 GREB1-201ENST00000234142 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.18□□□□□ -0.461e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 GREB1-204ENST00000381486 8484 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.511e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.218e-11■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 13e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PTPRK-222ENST00000532751 563 ntTSL 420.16■□□□□ 0.824e-9■■□□□ 13.2
CDC40O60508 TFR2-207ENST00000473374 891 ntTSL 519.95■□□□□ 0.783e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 CARD10-207ENST00000476871 583 ntTSL 418.68■□□□□ 0.583e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.314e-9■■□□□ 13.2
CDC40O60508 TFR2-204ENST00000462090 1844 ntTSL 516.97■□□□□ 0.313e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 TFR2-212ENST00000476304 2421 ntTSL 515.68■□□□□ 0.13e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 TFR2-213ENST00000490084 2196 ntTSL 215.52■□□□□ 0.083e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PTPRK-208ENST00000392449 1456 ntTSL 215.43■□□□□ 0.064e-9■■□□□ 13.2
CDC40O60508 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 04e-9■■□□□ 13.2
CDC40O60508 TNPO2-212ENST00000588491 737 ntTSL 515.04■□□□□ -03e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 AXIN2-205ENST00000578251 588 ntTSL 314.75□□□□□ -0.053e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 TNPO2-204ENST00000585886 2362 ntTSL 1 (best)14.58□□□□□ -0.083e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.083e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 CLEC16A-203ENST00000409790 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.093e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PCMTD2-207ENST00000609372 1321 ntTSL 4 BASIC13.6□□□□□ -0.233e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 TFR2-201ENST00000223051 2888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.33e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 TFR2-209ENST00000473963 771 ntTSL 313.13□□□□□ -0.313e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PTPRK-204ENST00000368210 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.342e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 CTNNB1-202ENST00000396183 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.344e-9■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PCMTD2-204ENST00000369758 3212 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.363e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PTPRK-207ENST00000368226 6087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.412e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 TFR2-205ENST00000462107 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.24□□□□□ -0.453e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 TFR2-206ENST00000465294 2763 ntTSL 211.95□□□□□ -0.53e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 TNPO2-218ENST00000592287 2914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.523e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PTPRK-203ENST00000368207 4758 ntTSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.542e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 CTNNB1-201ENST00000349496 3737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.574e-9■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PTPRK-201ENST00000368202 526 ntTSL 211.11□□□□□ -0.634e-9■■□□□ 13.2
CDC40O60508 TNPO2-210ENST00000588216 3056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.663e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PTPRK-221ENST00000532331 5757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.672e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 CTNNB1-203ENST00000396185 3356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.674e-9■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PTPRK-216ENST00000524481 3157 ntTSL 210.87□□□□□ -0.674e-9■■□□□ 13.2
CDC40O60508 TNPO2-215ENST00000589572 586 ntTSL 310.78□□□□□ -0.683e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PTPRK-205ENST00000368213 5816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.46□□□□□ -0.742e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 CTNNB1-206ENST00000431914 634 ntTSL 410.45□□□□□ -0.744e-9■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PTPRK-217ENST00000524534 2441 ntTSL 510.43□□□□□ -0.744e-9■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PCMTD2-203ENST00000308824 3843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.82□□□□□ -0.843e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 CLEC16A-201ENST00000261657 4351 ntTSL 49.39□□□□□ -0.913e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 CTNNB1-204ENST00000405570 2513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.04□□□□□ -0.964e-9■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PABPN1-208ENST00000557702 778 ntTSL 2 BASIC8.91□□□□□ -0.983e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PTPRK-206ENST00000368215 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.9□□□□□ -1.142e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 MDM2-212ENST00000393416 754 ntTSL 56.71□□□□□ -1.343e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PCMTD2-209ENST00000609818 551 ntTSL 46.27□□□□□ -1.413e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PTPRK-210ENST00000415055 782 ntTSL 54.23□□□□□ -1.733e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 CTNNB1-207ENST00000433400 596 ntTSL 44.2□□□□□ -1.744e-9■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PTPRK-209ENST00000415046 1029 ntTSL 53.92□□□□□ -1.783e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 CTNNB1-205ENST00000426215 563 ntTSL 43.38□□□□□ -1.874e-9■■□□□ 13.2
CDC40O60508 PCM1-214ENST00000521338 463 ntTSL 31.45□□□□□ -2.183e-6■■□□□ 13.2
CDC40O60508 NPAS2-201ENST00000335681 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.43□□□□□ -0.11e-7■■□□□ 13.1
CDC40O60508 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.058e-10■■□□□ 13.1
CDC40O60508 WDR6-201ENST00000395474 4401 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.488e-10■■□□□ 13.1
CDC40O60508 WDR6-221ENST00000610967 4259 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.558e-10■■□□□ 13.1
CDC40O60508 WDR6-220ENST00000608424 4070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.71□□□□□ -0.698e-10■■□□□ 13.1
CDC40O60508 WDR6-208ENST00000452875 3916 ntTSL 1 (best)10.51□□□□□ -0.738e-10■■□□□ 13.1
CDC40O60508 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.431e-7■■□□□ 13.1
CDC40O60508 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.875e-6■■□□□ 13
CDC40O60508 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.45e-6■■□□□ 13
CDC40O60508 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.345e-6■■□□□ 13
CDC40O60508 PQLC1-206ENST00000474967 2319 ntTSL 517.94■□□□□ 0.465e-6■■□□□ 13
CDC40O60508 PQLC1-201ENST00000351365 2414 ntTSL 216.71■□□□□ 0.275e-6■■□□□ 13
CDC40O60508 PQLC1-212ENST00000590895 865 ntTSL 315.69■□□□□ 0.15e-6■■□□□ 13
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