RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000392449.4

PTPRK-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type K, humanhuman

TSL 2

Gene PTPRK, Length 1,456 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRK-208ENST00000392449 NISCHQ9Y2I1 1504 aa41.41■■■■■ 4.22
PTPRK-208ENST00000392449 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa37.05■■■■□ 3.52
PTPRK-208ENST00000392449 ABCC9O60706 1549 aa36.97■■■■□ 3.51
PTPRK-208ENST00000392449 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa35.18■■■■□ 3.22
PTPRK-208ENST00000392449 NACADO15069 1562 aa34.96■■■■□ 3.19
PTPRK-208ENST00000392449 DCAF8L2P0C7V8 631 aa34.92■■■■□ 3.18
PTPRK-208ENST00000392449 DNAJC5BQ9UF47 199 aa34.53■■■■□ 3.12
PTPRK-208ENST00000392449 UNC13AQ9UPW8 1703 aa34.5■■■■□ 3.11
PTPRK-208ENST00000392449 MYO15BQ96JP2 1530 aa34.49■■■■□ 3.11
PTPRK-208ENST00000392449 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP34.46■■■■□ 3.11
PTPRK-208ENST00000392449 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP34.36■■■■□ 3.09
PTPRK-208ENST00000392449 BICRAQ9NZM4 1560 aa34.23■■■■□ 3.07
PTPRK-208ENST00000392449 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa34.14■■■■□ 3.06
PTPRK-208ENST00000392449 SCRIBQ14160 1630 aa33.89■■■■□ 3.02
PTPRK-208ENST00000392449 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa33.62■■■□□ 2.97
PTPRK-208ENST00000392449 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa33.39■■■□□ 2.94
PTPRK-208ENST00000392449 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP33.34■■■□□ 2.93
PTPRK-208ENST00000392449 CECR2Q9BXF3 1484 aa33.24■■■□□ 2.91
PTPRK-208ENST00000392449 SMARCA4P51532 1647 aa32.29■■■□□ 2.76
PTPRK-208ENST00000392449 NCAPD3P42695 1498 aa32.27■■■□□ 2.76
PTPRK-208ENST00000392449 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa32.25■■■□□ 2.75
PTPRK-208ENST00000392449 SMARCA2P51531 1590 aa32.13■■■□□ 2.73
PTPRK-208ENST00000392449 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP32.1■■■□□ 2.73
PTPRK-208ENST00000392449 HMGXB3Q12766 1538 aa32.07■■■□□ 2.72
PTPRK-208ENST00000392449 MROH2BQ7Z745 1585 aa31.96■■■□□ 2.71
PTPRK-208ENST00000392449 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP31.95■■■□□ 2.71
PTPRK-208ENST00000392449 PEG3Q9GZU2 1588 aa31.92■■■□□ 2.7
PTPRK-208ENST00000392449 ERCC6Q03468 1493 aa31.85■■■□□ 2.69
PTPRK-208ENST00000392449 NESP48681 1621 aa31.84■■■□□ 2.69
PTPRK-208ENST00000392449 CUX2O14529 1486 aa31.67■■■□□ 2.66
PTPRK-208ENST00000392449 WIZO95785 1651 aa31.62■■■□□ 2.65
PTPRK-208ENST00000392449 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa31.53■■■□□ 2.64
PTPRK-208ENST00000392449 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa31.46■■■□□ 2.63
PTPRK-208ENST00000392449 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP31.44■■■□□ 2.62
PTPRK-208ENST00000392449 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa31.43■■■□□ 2.62
PTPRK-208ENST00000392449 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP31.41■■■□□ 2.62
PTPRK-208ENST00000392449 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP31.33■■■□□ 2.61
PTPRK-208ENST00000392449 CADPSQ9ULU8 1353 aa31.32■■■□□ 2.6
PTPRK-208ENST00000392449 PDS5BQ9NTI5 1447 aa31.32■■■□□ 2.6
PTPRK-208ENST00000392449 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP31.16■■■□□ 2.58
PTPRK-208ENST00000392449 MRC2Q9UBG0 1479 aa31.09■■■□□ 2.57
PTPRK-208ENST00000392449 WDR62O43379 1518 aa31.01■■■□□ 2.55
PTPRK-208ENST00000392449 CFTRP13569 1480 aa31.01■■■□□ 2.55
PTPRK-208ENST00000392449 FANCD2Q9BXW9 1451 aa31■■■□□ 2.55
PTPRK-208ENST00000392449 CEP164Q9UPV0 1460 aa31■■■□□ 2.55
PTPRK-208ENST00000392449 CCDC88BA6NC98 1476 aa30.83■■■□□ 2.53
PTPRK-208ENST00000392449 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP30.77■■■□□ 2.52
PTPRK-208ENST00000392449 PRDM2Q13029 1718 aa30.76■■■□□ 2.51
PTPRK-208ENST00000392449 TOPBP1Q92547 1522 aa30.44■■■□□ 2.46
PTPRK-208ENST00000392449 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP30.38■■■□□ 2.45
PTPRK-208ENST00000392449 IFT140Q96RY7 1462 aa30.34■■■□□ 2.45
PTPRK-208ENST00000392449 DNMBPQ6XZF7 1577 aa30.33■■■□□ 2.45
PTPRK-208ENST00000392449 ABCC8Q09428 1581 aa30.28■■■□□ 2.44
PTPRK-208ENST00000392449 OSCARQ8IYS5 282 aa30.25■■■□□ 2.43
PTPRK-208ENST00000392449 TRIM41Q8WV44 630 aa30.25■■■□□ 2.43
PTPRK-208ENST00000392449 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP30.21■■■□□ 2.43
PTPRK-208ENST00000392449 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP30.17■■■□□ 2.42
PTPRK-208ENST00000392449 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP30.15■■■□□ 2.42
PTPRK-208ENST00000392449 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP30.13■■■□□ 2.41
PTPRK-208ENST00000392449 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP30.1■■■□□ 2.419e-8■■■■■ 30.5
PTPRK-208ENST00000392449 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa30.07■■■□□ 2.41
PTPRK-208ENST00000392449 CHIC1Q5VXU3 224 aa30.07■■■□□ 2.4
PTPRK-208ENST00000392449 CUX1P39880 1505 aa30.02■■■□□ 2.4
PTPRK-208ENST00000392449 FGD5Q6ZNL6 1462 aa30■■■□□ 2.39
PTPRK-208ENST00000392449 SOGA1O94964 1423 aa29.99■■■□□ 2.39
PTPRK-208ENST00000392449 CHD1O14646 1710 aa29.97■■■□□ 2.39
PTPRK-208ENST00000392449 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP29.95■■■□□ 2.38
PTPRK-208ENST00000392449 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa29.94■■■□□ 2.38
PTPRK-208ENST00000392449 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa29.94■■■□□ 2.38
PTPRK-208ENST00000392449 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa29.94■■■□□ 2.38
PTPRK-208ENST00000392449 FBLN2P98095 1184 aa29.86■■■□□ 2.37
PTPRK-208ENST00000392449 ARHGEF11O15085 1522 aa29.85■■■□□ 2.37
PTPRK-208ENST00000392449 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa29.8■■■□□ 2.36
PTPRK-208ENST00000392449 WDR97A6NE52 1622 aa29.79■■■□□ 2.36
PTPRK-208ENST00000392449 GRIN2BQ13224 1484 aa29.69■■■□□ 2.34
PTPRK-208ENST00000392449 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP29.66■■■□□ 2.34
PTPRK-208ENST00000392449 PBRM1Q86U86 1689 aa29.66■■■□□ 2.34
PTPRK-208ENST00000392449 GAPVD1Q14C86 1478 aa29.63■■■□□ 2.33
PTPRK-208ENST00000392449 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa29.62■■■□□ 2.33
PTPRK-208ENST00000392449 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP29.61■■■□□ 2.33
PTPRK-208ENST00000392449 CYB5RLQ6IPT4 315 aa29.61■■■□□ 2.33
PTPRK-208ENST00000392449 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa29.6■■■□□ 2.33
PTPRK-208ENST00000392449 SYNJ1O43426 1573 aa29.59■■■□□ 2.33
PTPRK-208ENST00000392449 ARAP1Q96P48 1450 aa29.58■■■□□ 2.33
PTPRK-208ENST00000392449 CLASP1Q7Z460 1538 aa29.58■■■□□ 2.33
PTPRK-208ENST00000392449 SYNJ2O15056 1496 aa29.57■■■□□ 2.32
PTPRK-208ENST00000392449 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa29.56■■■□□ 2.32
PTPRK-208ENST00000392449 TOP2BQ02880 1626 aa29.55■■■□□ 2.32
PTPRK-208ENST00000392449 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP29.54■■■□□ 2.32
PTPRK-208ENST00000392449 ADAMTS12P58397 1594 aa29.38■■■□□ 2.29
PTPRK-208ENST00000392449 GRIN2AQ12879 1464 aa29.34■■■□□ 2.29
PTPRK-208ENST00000392449 CEP170Q5SW79 1584 aa29.27■■■□□ 2.28
PTPRK-208ENST00000392449 ERICH3Q5RHP9 1530 aa29.24■■■□□ 2.27
PTPRK-208ENST00000392449 FHAD1B1AJZ9 1412 aa29.24■■■□□ 2.27
PTPRK-208ENST00000392449 ERCC6L2Q5T890 1561 aa29.22■■■□□ 2.27
PTPRK-208ENST00000392449 TRHP20396 242 aaPredicted RBP29.22■■■□□ 2.27
PTPRK-208ENST00000392449 NUP160Q12769 1436 aa29.21■■■□□ 2.27
PTPRK-208ENST00000392449 SHROOM2Q13796 1616 aa29.09■■■□□ 2.25
PTPRK-208ENST00000392449 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa28.97■■■□□ 2.23
PTPRK-208ENST00000392449 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP28.94■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 7.4 ms