Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 DLGAP1-213ENST00000534970 2365 ntTSL 2 BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 HNRNPU-204ENST00000440865 3207 ntTSL 2 BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 TGM6-202ENST00000381423 2158 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 CAP1-205ENST00000372802 2964 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 NUP160-201ENST00000378460 5376 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 FGD2-201ENST00000274963 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP45-201ENST00000313093 4273 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 IDH3B-212ENST00000613370 1400 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 EP400-203ENST00000333577 3092 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 FGR-203ENST00000374005 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 DDX39A-201ENST00000242776 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 GPSM3-209ENST00000487761 1460 ntTSL 5 BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 SHROOM1-203ENST00000378679 4019 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 ELAVL1-201ENST00000407627 6015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 TOMM22-201ENST00000216034 2040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 SLC35G3-201ENST00000297307 2004 ntAPPRIS P1 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 AC079336.5-201ENST00000581360 2480 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 AC025674.2-201ENST00000522622 2971 ntTSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 GSTCD-206ENST00000507281 2091 ntTSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 CNN1-201ENST00000252456 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 SLC22A7-202ENST00000372585 2555 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 MAPK7-203ENST00000395602 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 DENND3-211ENST00000519811 5482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 OR2V1-205ENST00000642036 2609 ntAPPRIS P1 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 KCNN3-202ENST00000358505 1658 ntTSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 SNPH-201ENST00000381867 5533 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 FBXL21-202ENST00000467490 1742 ntTSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 TRIM29-210ENST00000528870 2217 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 EPB41L1-202ENST00000338074 6266 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 E2F7-202ENST00000416496 5297 ntTSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 PAIP2-202ENST00000394795 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 IL9-201ENST00000274520 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 MUC1-203ENST00000342482 537 ntTSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 UBL4A-201ENST00000369653 711 ntTSL 3 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 MIR557-201ENST00000385239 98 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 GSTP1-201ENST00000398603 700 ntTSL 3 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 ZNF226-203ENST00000413984 716 ntTSL 3 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 LINC01237-201ENST00000415434 573 ntTSL 4 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 AL807761.2-201ENST00000422849 729 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 AL109767.1-201ENST00000429450 564 ntTSL 4 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 CSTF3-202ENST00000431742 715 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 RPS6KA2-AS1-201ENST00000455390 627 ntTSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 CFL1-206ENST00000527344 962 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 PARD6G-AS1-205ENST00000589574 647 ntTSL 3 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 ZNF350-AS1-202ENST00000600253 577 ntTSL 4 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC18P-201ENST00000602271 909 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 AC007326.1-201ENST00000604539 458 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 AC007881.3-201ENST00000608897 607 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 LINC00116-203ENST00000611969 441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 MTMR3-204ENST00000401950 6018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 CPSF1-212ENST00000616140 4494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 PCM1-202ENST00000327578 8287 ntTSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 RHD-203ENST00000357542 1387 ntTSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 MYBBP1A-201ENST00000254718 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 POLRMT-202ENST00000588649 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 SERINC2-206ENST00000536859 2072 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 UBE2D1-201ENST00000373910 2659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 KCNT1-212ENST00000628528 7057 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 PLXNB1-201ENST00000296440 7143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 TMEM144-209ENST00000509278 1633 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 RBM4B-206ENST00000531036 1646 ntTSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 TNN-203ENST00000622870 3719 ntTSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 SUOX-204ENST00000394115 2394 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 GPC6-201ENST00000377047 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 TMCC3-201ENST00000261226 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 PRPF8-205ENST00000572621 7445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 AP001627.1-201ENST00000437426 1754 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 MAP7D1-204ENST00000373151 3324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 CBX3-202ENST00000396386 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 RUFY1-204ENST00000437570 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 STRA6-207ENST00000535552 2631 ntTSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP27-203ENST00000428638 4242 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 DHCR24-201ENST00000371269 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 MX1-218ENST00000619682 1980 ntTSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 CDH24-202ENST00000397359 3552 ntTSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 SLC4A5-201ENST00000346834 6233 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 SLC35E2-202ENST00000355439 2078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 TOMM34-201ENST00000372813 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 FKBP5-201ENST00000357266 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 CRYBB1-201ENST00000215939 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 PRIMA1-201ENST00000316227 1080 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CCDC3Q9BQI4 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms