Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
DKK3Q9UBP4 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.89■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
DKK3Q9UBP4 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
DKK3Q9UBP4 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
DKK3Q9UBP4 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
DKK3Q9UBP4 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
DKK3Q9UBP4 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
DKK3Q9UBP4 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
DKK3Q9UBP4 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
DKK3Q9UBP4 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
DKK3Q9UBP4 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
DKK3Q9UBP4 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
DKK3Q9UBP4 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms