Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 PHC3-203ENST00000467570 2595 ntTSL 2 BASIC6.8□□□□□ -1.327e-7■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 PHC3-214ENST00000494943 5030 ntTSL 1 (best) BASIC6.32□□□□□ -1.47e-7■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 PHC3-215ENST00000495893 12666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4□□□□□ -1.777e-7■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 VPS13B-202ENST00000357162 14019 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.89□□□□□ -1.316e-6■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 VPS13B-203ENST00000358544 14094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC6.17□□□□□ -1.426e-6■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 RAB40C-211ENST00000568586 648 ntTSL 232.2■■■□□ 2.741e-6■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 RAB40C-209ENST00000565511 783 ntTSL 326.14■■□□□ 1.781e-6■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.761e-6■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.681e-6■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 RAB40C-212ENST00000569575 692 ntTSL 225.22■■□□□ 1.631e-6■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 RAB40C-207ENST00000563109 710 ntTSL 320.29■□□□□ 0.841e-6■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.531e-6■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.511e-6■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 RAB40C-202ENST00000509637 565 ntTSL 317.58■□□□□ 0.41e-6■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 RAB40C-210ENST00000566290 753 ntTSL 317.47■□□□□ 0.391e-6■■■■■ 94.1
SF3B1O75533 SREBF1-203ENST00000395751 4653 ntTSL 217.1■□□□□ 0.336e-7■■■■■ 94
SF3B1O75533 SSBP3-210ENST00000525990 701 ntTSL 213.24□□□□□ -0.295e-6■■■■■ 94
SF3B1O75533 CAMSAP1-203ENST00000409386 5730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.042e-6■■■■■ 94
SF3B1O75533 CAMSAP1-202ENST00000389532 7696 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.64□□□□□ -0.392e-6■■■■■ 94
SF3B1O75533 CAMSAP1-201ENST00000312405 6054 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.512e-6■■■■■ 94
SF3B1O75533 ELF4-201ENST00000308167 4165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.133e-6■■■■■ 93.9
SF3B1O75533 MYO1D-206ENST00000579584 3500 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.254e-6■■■■■ 93.9
SF3B1O75533 EYA3-202ENST00000373864 2459 ntTSL 5 BASIC10.69□□□□□ -0.77e-6■■■■■ 93.9
SF3B1O75533 EYA3-203ENST00000373871 6085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.96□□□□□ -0.977e-6■■■■■ 93.9
SF3B1O75533 EYA3-208ENST00000540618 5885 ntTSL 2 BASIC7.95□□□□□ -1.147e-6■■■■■ 93.9
SF3B1O75533 EYA3-204ENST00000436342 5943 ntTSL 2 BASIC7.1□□□□□ -1.277e-6■■■■■ 93.9
SF3B1O75533 PPP6R2-204ENST00000395744 3293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 93.9
SF3B1O75533 PPP6R2-202ENST00000359139 4035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.43□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 93.9
SF3B1O75533 PPP6R2-203ENST00000395741 3304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.122e-6■■■■■ 93.9
SF3B1O75533 PPP6R2-209ENST00000612753 4104 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.61□□□□□ -0.392e-6■■■■■ 93.9
SF3B1O75533 UGP2-216ENST00000484056 606 ntTSL 514.96□□□□□ -0.015e-8■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 UGP2-232ENST00000640075 567 ntTSL 5 BASIC6.05□□□□□ -1.445e-8■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 UGP2-231ENST00000627474 264 ntTSL 5 BASIC2.84□□□□□ -1.965e-8■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 UGP2-230ENST00000626380 276 ntTSL 5 BASIC1.11□□□□□ -2.235e-8■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.51e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.891e-7■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.321e-7■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 GTF2F2-201ENST00000340473 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.145e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 CLCN6-201ENST00000312413 5631 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.171e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 CLCN6-206ENST00000376496 2922 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.321e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 DPY19L1-201ENST00000310974 4870 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.441e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 CLCN6-202ENST00000346436 5583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.61e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 PFKL-210ENST00000496824 1063 ntTSL 521.76■■□□□ 1.079e-7■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.171e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 LZTR1-217ENST00000497716 1031 ntTSL 515.41■□□□□ 0.061e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 LZTR1-211ENST00000479606 3442 ntTSL 214.06□□□□□ -0.161e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 FAM49B-207ENST00000518285 507 ntTSL 320.61■□□□□ 0.895e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 FAM49B-227ENST00000523514 533 ntTSL 48.43□□□□□ -1.065e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 ABCC5-201ENST00000265586 5712 ntTSL 5 BASIC11.25□□□□□ -0.612e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 ABCC5-206ENST00000437205 5852 ntTSL 511.23□□□□□ -0.612e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 ABCC5-202ENST00000334444 5921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.1□□□□□ -0.632e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 MACF1-229ENST00000530262 6257 ntTSL 57.39□□□□□ -1.234e-6■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 TCF3-210ENST00000587235 986 ntTSL 527.8■■■□□ 2.044e-7■■■■■ 93.8
SF3B1O75533 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.326e-7■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 NAB1-201ENST00000337386 4358 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.436e-7■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 NAB1-209ENST00000448811 590 ntTSL 412.09□□□□□ -0.476e-7■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 NAB1-204ENST00000416973 568 ntTSL 411.46□□□□□ -0.576e-7■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 ST7-221ENST00000465133 2155 ntTSL 5 BASIC4.11□□□□□ -1.752e-6■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 CRY1-205ENST00000552790 3834 ntTSL 26.28□□□□□ -1.44e-6■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 AKT2-239ENST00000583859 567 ntTSL 527.89■■■□□ 2.054e-6■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 AKT2-214ENST00000456441 582 ntTSL 323.76■■□□□ 1.394e-6■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 LMNB2-203ENST00000490554 689 ntTSL 217.2■□□□□ 0.344e-6■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 AKT2-213ENST00000452077 577 ntTSL 313.07□□□□□ -0.324e-6■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 AKT2-229ENST00000578123 564 ntTSL 412.01□□□□□ -0.494e-6■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 PUM3-202ENST00000397885 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.54e-6■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 AKT2-202ENST00000358335 546 ntTSL 411.02□□□□□ -0.654e-6■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 AKT2-241ENST00000596634 583 ntTSL 510.69□□□□□ -0.74e-6■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 AKT2-209ENST00000423127 798 ntTSL 510.37□□□□□ -0.754e-6■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 AC015574.1-201ENST00000615194 489 ntTSL 5 BASIC9.56□□□□□ -0.884e-6■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 AC015574.1-205ENST00000611285 524 ntTSL 5 BASIC6.61□□□□□ -1.354e-6■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 WDR43-206ENST00000466067 628 ntTSL 26.31□□□□□ -1.44e-6■■■■■ 93.7
SF3B1O75533 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.323e-6■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 MITF-209ENST00000448226 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC10.19□□□□□ -0.783e-6■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.972e-7■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.692e-7■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.622e-7■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 LSM7-202ENST00000585395 621 ntTSL 325.08■■□□□ 1.62e-7■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.82■■□□□ 1.568e-7■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.516e-6■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 NABP2-206ENST00000479016 1031 ntTSL 224.27■■□□□ 1.483e-9■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.473e-9■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.464e-6■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.423e-9■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.363e-9■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 SLC38A1-207ENST00000549633 1076 ntTSL 1 (best)23.24■■□□□ 1.314e-6■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.252e-6■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.243e-9■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.243e-9■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.23e-9■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.22e-6■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 TBC1D10A-206ENST00000437122 861 ntTSL 221.88■■□□□ 1.096e-6■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 SNRPE-206ENST00000483099 967 ntTSL 221.77■■□□□ 1.073e-9■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.846e-6■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 FLII-228ENST00000582626 573 ntTSL 320.3■□□□□ 0.843e-9■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 CD70-203ENST00000597430 572 ntTSL 319.82■□□□□ 0.763e-9■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 TPP1-210ENST00000528807 585 ntTSL 219.76■□□□□ 0.753e-9■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 TPP1-205ENST00000524788 553 ntTSL 219.76■□□□□ 0.753e-9■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.754e-6■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 SLC38A1-209ENST00000551506 586 ntTSL 319.73■□□□□ 0.754e-6■■■■■ 93.6
SF3B1O75533 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.74e-6■■■■■ 93.6
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1284.3 ms