Protein–RNA interactions for Protein: Q9HBJ7

USP29, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 29, humanhuman

Predictions only

Length 922 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP29Q9HBJ7 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP29Q9HBJ7 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
USP29Q9HBJ7 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP29Q9HBJ7 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP29Q9HBJ7 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.4 ms