Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY09

COL28A1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,125 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL28A1Q2UY09 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL28A1Q2UY09 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL28A1Q2UY09 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL28A1Q2UY09 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.2 ms