Protein–RNA interactions for Protein: Q13472

TOP3A, DNA topoisomerase 3-alpha, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TOP3AQ13472 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TOP3AQ13472 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TOP3AQ13472 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TOP3AQ13472 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
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