Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP28Q96RU2 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms