Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
LIMD1Q9UGP4 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms