Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC140Q96MF4 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC140Q96MF4 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC140Q96MF4 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC140Q96MF4 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC140Q96MF4 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC140Q96MF4 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC140Q96MF4 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms