Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
USP53Q70EK8 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms