Protein–RNA interactions for Protein: Q9H3S1

SEMA4A, Semaphorin-4A, humanhuman

Predictions only

Length 761 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA4AQ9H3S1 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC30.45■■■□□ 2.46
SEMA4AQ9H3S1 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
SEMA4AQ9H3S1 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC30.43■■■□□ 2.46
SEMA4AQ9H3S1 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
SEMA4AQ9H3S1 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
SEMA4AQ9H3S1 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
SEMA4AQ9H3S1 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.45
SEMA4AQ9H3S1 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
SEMA4AQ9H3S1 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
SEMA4AQ9H3S1 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
SEMA4AQ9H3S1 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
SEMA4AQ9H3S1 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
SEMA4AQ9H3S1 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
SEMA4AQ9H3S1 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
SEMA4AQ9H3S1 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
SEMA4AQ9H3S1 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.43
SEMA4AQ9H3S1 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
SEMA4AQ9H3S1 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
SEMA4AQ9H3S1 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
SEMA4AQ9H3S1 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC30.17■■■□□ 2.42
SEMA4AQ9H3S1 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
SEMA4AQ9H3S1 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SEMA4AQ9H3S1 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SEMA4AQ9H3S1 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
SEMA4AQ9H3S1 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.14■■■□□ 2.42
SEMA4AQ9H3S1 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SEMA4AQ9H3S1 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
SEMA4AQ9H3S1 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SEMA4AQ9H3S1 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SEMA4AQ9H3S1 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SEMA4AQ9H3S1 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SEMA4AQ9H3S1 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SEMA4AQ9H3S1 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC30.08■■■□□ 2.41
SEMA4AQ9H3S1 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC30.08■■■□□ 2.41
SEMA4AQ9H3S1 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
SEMA4AQ9H3S1 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
SEMA4AQ9H3S1 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SEMA4AQ9H3S1 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SEMA4AQ9H3S1 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
SEMA4AQ9H3S1 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
SEMA4AQ9H3S1 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SEMA4AQ9H3S1 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SEMA4AQ9H3S1 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SEMA4AQ9H3S1 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
SEMA4AQ9H3S1 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
SEMA4AQ9H3S1 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
SEMA4AQ9H3S1 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SEMA4AQ9H3S1 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SEMA4AQ9H3S1 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
SEMA4AQ9H3S1 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
SEMA4AQ9H3S1 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
SEMA4AQ9H3S1 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC29.94■■■□□ 2.38
SEMA4AQ9H3S1 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC29.92■■■□□ 2.38
SEMA4AQ9H3S1 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
SEMA4AQ9H3S1 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
SEMA4AQ9H3S1 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
SEMA4AQ9H3S1 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
SEMA4AQ9H3S1 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
SEMA4AQ9H3S1 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
SEMA4AQ9H3S1 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC29.87■■■□□ 2.37
SEMA4AQ9H3S1 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
SEMA4AQ9H3S1 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
SEMA4AQ9H3S1 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC29.83■■■□□ 2.37
SEMA4AQ9H3S1 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
SEMA4AQ9H3S1 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
SEMA4AQ9H3S1 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
SEMA4AQ9H3S1 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SEMA4AQ9H3S1 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
SEMA4AQ9H3S1 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
SEMA4AQ9H3S1 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
SEMA4AQ9H3S1 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
SEMA4AQ9H3S1 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC29.71■■■□□ 2.35
SEMA4AQ9H3S1 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
SEMA4AQ9H3S1 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC29.7■■■□□ 2.35
SEMA4AQ9H3S1 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.35
SEMA4AQ9H3S1 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC29.7■■■□□ 2.35
SEMA4AQ9H3S1 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
SEMA4AQ9H3S1 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
SEMA4AQ9H3S1 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
SEMA4AQ9H3S1 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.33
SEMA4AQ9H3S1 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
SEMA4AQ9H3S1 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SEMA4AQ9H3S1 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
SEMA4AQ9H3S1 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SEMA4AQ9H3S1 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SEMA4AQ9H3S1 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SEMA4AQ9H3S1 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC29.58■■■□□ 2.33
SEMA4AQ9H3S1 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SEMA4AQ9H3S1 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SEMA4AQ9H3S1 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SEMA4AQ9H3S1 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SEMA4AQ9H3S1 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SEMA4AQ9H3S1 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SEMA4AQ9H3S1 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SEMA4AQ9H3S1 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SEMA4AQ9H3S1 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
SEMA4AQ9H3S1 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
SEMA4AQ9H3S1 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
SEMA4AQ9H3S1 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SEMA4AQ9H3S1 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.1 ms