Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms