Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TNXB-209ENST00000613214 6842 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CSAD-202ENST00000379843 2086 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KDM5C-205ENST00000404049 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PMS1-221ENST00000624204 3417 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SNX18-202ENST00000343017 3140 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CBS-204ENST00000398165 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KCTD7-206ENST00000639828 5951 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KREMEN1-201ENST00000327813 2719 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 MARK3-202ENST00000303622 3283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AP1S3-206ENST00000443700 1785 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PATZ1-202ENST00000266269 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KRT85-201ENST00000257901 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 RNF135-202ENST00000328381 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PODN-202ENST00000371500 3287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 EXOG-201ENST00000287675 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SH2D3C-206ENST00000429553 2794 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 RUNDC1-201ENST00000361677 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 BFSP2-201ENST00000302334 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 COX11-201ENST00000299335 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 RGPD5-202ENST00000272454 2907 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KDM3A-201ENST00000312912 4886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 IRGQ-201ENST00000422989 9685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CTBP1-209ENST00000510568 4250 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 VLDLR-202ENST00000382099 3240 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 RAI14-202ENST00000428746 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms