Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
TNFRSF4P43489 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.4 ms