RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000498623.6

ARPC4-208, Transcript of actin related protein 2/3 complex subunit 4, human

TSL 2 BASIC

Gene ARPC4, Length 942 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ARPC4-208	ENST00000498623	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		56.67	■■■■■ 6.66
ARPC4-208	ENST00000498623	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		50.72	■■■■■ 5.71
ARPC4-208	ENST00000498623	ABCC9	O60706	1549 aa		49.92	■■■■■ 5.58
ARPC4-208	ENST00000498623	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		47.91	■■■■■ 5.26
ARPC4-208	ENST00000498623	NACAD	O15069	1562 aa		47.75	■■■■■ 5.24
ARPC4-208	ENST00000498623	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		47.35	■■■■■ 5.17
ARPC4-208	ENST00000498623	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		47.31	■■■■■ 5.16
ARPC4-208	ENST00000498623	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	47.12	■■■■■ 5.13
ARPC4-208	ENST00000498623	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		46.94	■■■■■ 5.1
ARPC4-208	ENST00000498623	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		46.89	■■■■■ 5.1
ARPC4-208	ENST00000498623	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		46.49	■■■■■ 5.03
ARPC4-208	ENST00000498623	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	46.49	■■■■■ 5.03
ARPC4-208	ENST00000498623	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		46.26	■■■■■ 5
ARPC4-208	ENST00000498623	SCRIB	Q14160	1630 aa		46.1	■■■■■ 4.97
ARPC4-208	ENST00000498623	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		46.04	■■■■■ 4.96
ARPC4-208	ENST00000498623	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	45.29	■■■■■ 4.84
ARPC4-208	ENST00000498623	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		45.23	■■■■■ 4.83
ARPC4-208	ENST00000498623	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		44.96	■■■■■ 4.79
ARPC4-208	ENST00000498623	SMARCA4	P51532	1647 aa		44.11	■■■■■ 4.65
ARPC4-208	ENST00000498623	NCAPD3	P42695	1498 aa		44.04	■■■■■ 4.64
ARPC4-208	ENST00000498623	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	43.97	■■■■■ 4.63
ARPC4-208	ENST00000498623	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		43.96	■■■■■ 4.63
ARPC4-208	ENST00000498623	SMARCA2	P51531	1590 aa		43.92	■■■■■ 4.62
ARPC4-208	ENST00000498623	HMGXB3	Q12766	1538 aa		43.82	■■■■■ 4.61
ARPC4-208	ENST00000498623	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		43.74	■■■■■ 4.59
ARPC4-208	ENST00000498623	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		43.63	■■■■■ 4.58
ARPC4-208	ENST00000498623	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	43.56	■■■■■ 4.56
ARPC4-208	ENST00000498623	WIZ	O95785	1651 aa		43.15	■■■■■ 4.5
ARPC4-208	ENST00000498623	ERCC6	Q03468	1493 aa		43.08	■■■■■ 4.49
ARPC4-208	ENST00000498623	NES	P48681	1621 aa		43.07	■■■■■ 4.48
ARPC4-208	ENST00000498623	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		42.99	■■■■■ 4.47
ARPC4-208	ENST00000498623	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	42.94	■■■■■ 4.46
ARPC4-208	ENST00000498623	CUX2	O14529	1486 aa		42.91	■■■■■ 4.46
ARPC4-208	ENST00000498623	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	42.69	■■■■■ 4.42
ARPC4-208	ENST00000498623	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		42.68	■■■■■ 4.42
ARPC4-208	ENST00000498623	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		42.64	■■■■■ 4.42
ARPC4-208	ENST00000498623	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		42.64	■■■■■ 4.42
ARPC4-208	ENST00000498623	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	42.64	■■■■■ 4.42
ARPC4-208	ENST00000498623	CFTR	P13569	1480 aa		42.36	■■■■■ 4.37
ARPC4-208	ENST00000498623	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		42.26	■■■■■ 4.36
ARPC4-208	ENST00000498623	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		42.21	■■■■■ 4.35
ARPC4-208	ENST00000498623	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		42.19	■■■■■ 4.34
ARPC4-208	ENST00000498623	WDR62	O43379	1518 aa		42.19	■■■■■ 4.34
ARPC4-208	ENST00000498623	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		42.12	■■■■■ 4.33
ARPC4-208	ENST00000498623	PRDM2	Q13029	1718 aa		42.12	■■■■■ 4.33
ARPC4-208	ENST00000498623	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		42.11	■■■■■ 4.33
ARPC4-208	ENST00000498623	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	41.82	■■■■■ 4.29
ARPC4-208	ENST00000498623	ABCC8	Q09428	1581 aa		41.48	■■■■■ 4.23
ARPC4-208	ENST00000498623	TOPBP1	Q92547	1522 aa		41.48	■■■■■ 4.23
ARPC4-208	ENST00000498623	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		41.42	■■■■■ 4.22
ARPC4-208	ENST00000498623	IFT140	Q96RY7	1462 aa		41.35	■■■■■ 4.21
ARPC4-208	ENST00000498623	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	41.28	■■■■■ 4.2
ARPC4-208	ENST00000498623	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	41.17	■■■■■ 4.18
ARPC4-208	ENST00000498623	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	41.11	■■■■■ 4.17
ARPC4-208	ENST00000498623	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	41.09	■■■■■ 4.17
ARPC4-208	ENST00000498623	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	41.06	■■■■■ 4.16
ARPC4-208	ENST00000498623	CUX1	P39880	1505 aa		40.98	■■■■■ 4.15
ARPC4-208	ENST00000498623	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		40.93	■■■■■ 4.14
ARPC4-208	ENST00000498623	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		40.9	■■■■■ 4.14
ARPC4-208	ENST00000498623	SOGA1	O94964	1423 aa		40.86	■■■■■ 4.13
ARPC4-208	ENST00000498623	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		40.86	■■■■■ 4.13
ARPC4-208	ENST00000498623	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	40.84	■■■■■ 4.13	3e-6	■■■■□ 22.1
ARPC4-208	ENST00000498623	WDR97	A6NE52	1622 aa		40.83	■■■■■ 4.13
ARPC4-208	ENST00000498623	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	40.66	■■■■■ 4.1
ARPC4-208	ENST00000498623	CHD1	O14646	1710 aa		40.65	■■■■■ 4.1
ARPC4-208	ENST00000498623	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		40.56	■■■■■ 4.08
ARPC4-208	ENST00000498623	TOP2B	Q02880	1626 aa		40.53	■■■■■ 4.08
ARPC4-208	ENST00000498623	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		40.52	■■■■■ 4.08
ARPC4-208	ENST00000498623	GRIN2B	Q13224	1484 aa		40.5	■■■■■ 4.07
ARPC4-208	ENST00000498623	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		40.5	■■■■■ 4.07
ARPC4-208	ENST00000498623	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	40.49	■■■■■ 4.07
ARPC4-208	ENST00000498623	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	40.48	■■■■■ 4.07
ARPC4-208	ENST00000498623	SYNJ1	O43426	1573 aa		40.45	■■■■■ 4.07
ARPC4-208	ENST00000498623	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		40.45	■■■■■ 4.07
ARPC4-208	ENST00000498623	PBRM1	Q86U86	1689 aa		40.44	■■■■■ 4.06
ARPC4-208	ENST00000498623	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		40.42	■■■■■ 4.06
ARPC4-208	ENST00000498623	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		40.42	■■■■■ 4.06
ARPC4-208	ENST00000498623	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		40.42	■■■■■ 4.06
ARPC4-208	ENST00000498623	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		40.41	■■■■■ 4.06
ARPC4-208	ENST00000498623	TRIM41	Q8WV44	630 aa		40.38	■■■■■ 4.05
ARPC4-208	ENST00000498623	FBLN2	P98095	1184 aa		40.36	■■■■■ 4.05
ARPC4-208	ENST00000498623	ARHGEF11	O15085	1522 aa		40.34	■■■■■ 4.05
ARPC4-208	ENST00000498623	SYNJ2	O15056	1496 aa		40.31	■■■■■ 4.04
ARPC4-208	ENST00000498623	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	40.23	■■■■■ 4.03
ARPC4-208	ENST00000498623	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		40.2	■■■■■ 4.03
ARPC4-208	ENST00000498623	ADAMTS12	P58397	1594 aa		40.08	■■■■■ 4.01
ARPC4-208	ENST00000498623	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		40.04	■■■■■ 4
ARPC4-208	ENST00000498623	GRIN2A	Q12879	1464 aa		39.98	■■■■□ 3.99
ARPC4-208	ENST00000498623	ARAP1	Q96P48	1450 aa		39.97	■■■■□ 3.99
ARPC4-208	ENST00000498623	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		39.94	■■■■□ 3.98
ARPC4-208	ENST00000498623	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		39.87	■■■■□ 3.97
ARPC4-208	ENST00000498623	NUP160	Q12769	1436 aa		39.85	■■■■□ 3.97
ARPC4-208	ENST00000498623	CEP170	Q5SW79	1584 aa		39.82	■■■■□ 3.97
ARPC4-208	ENST00000498623	KIF27	Q86VH2	1401 aa		39.69	■■■■□ 3.94
ARPC4-208	ENST00000498623	SHROOM2	Q13796	1616 aa		39.66	■■■■□ 3.94
ARPC4-208	ENST00000498623	CUL7	Q14999	1698 aa		39.6	■■■■□ 3.93
ARPC4-208	ENST00000498623	IGF1R	P08069	1367 aa		39.57	■■■■□ 3.92
ARPC4-208	ENST00000498623	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		39.54	■■■■□ 3.92
ARPC4-208	ENST00000498623	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		39.5	■■■■□ 3.91
ARPC4-208	ENST00000498623	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	39.33	■■■■□ 3.89

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.6 ms