Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP53Q70EK8 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP53Q70EK8 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms